PP_003V4AG.1

Display Name: Ireland/PP_003V4AG.1/2025-02-24
Michael Carr, Laura Fahey, Brian Keogan, Alan Rice, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

Sample details

Collection date
2025-02-24
Country
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-09-12 16:09lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.4

Authors

Author affiliations
National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Belfield, Dublin, Ireland

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host name - scientific
Homo sapiens

Sequencing

Amplicon PCR primer scheme
ARTIC MPXV 400bp - https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/400/v1.0.0/?q=
Sequencing instrument
Illumina NextSeq
Reference genome accession
NC_063383.masked
Consensus sequence software name
ivar
Consensus sequence software version
1.4.2
Depth of coverage
1638
Breadth of coverage
98

Alignment and QC metrics

Length
190708
Completeness
94.84%
# of SNPs
85
# of inserted bases
0
# of deleted bases
19
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
3690
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
GIRL00018080
Submitting group
Date submitted
2025-09-12 16:09:28 UTC
Date released
2025-09-12 16:10:24 UTC
Earliest release date
2025-09-12

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • G6871A
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C20453T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • C29199T
  • G30367A
  • G31053A
  • C34277T
    • Deletions
    133177-133186, 136552-136554, 169769-169774
    Insertions
    None

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG045

  • OPG045:E22K

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG121

  • OPG121:A37V

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG154

  • OPG154:A91V

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG189

  • OPG189:R365K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG153:385, OPG197:34, OPG197:35
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue