PP_003V4AG.1

Ireland/GIRL00018080/2025-02-24
Michael Carr, Laura Fahey, Brian Keogan, Alan Rice, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Belfield, Dublin, Ireland

Sample details

Collection date
2025-02-24
Sampling location
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Amplicon PCR primer scheme
ARTIC MPXV 400bp - https://labs.primalscheme.com/detail/artic-inrb-mpox/400/v1.0.0/?q=
Sequencing instrument
ILLUMINA
Reference genome accession
NC_063383.masked
Consensus sequence software name
ivar
Consensus sequence software version
1.4.2
Depth of coverage
1638
Breadth of coverage
98

Submission details

Submission ID
GIRL00018080
Submitting group
Date submitted
2025-09-12 16:09:28 UTC
Date released
2025-09-12 16:10:24 UTC
Earliest release date
2025-09-12

Alignment and QC

Length
190708 (94.8%)
# of SNPs
85
# of deleted bases
19
# of unknown bases
3690

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • G6871A
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C20453T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • C29199T
  • G30367A
  • G31053A
  • C34277T
Deletions
133177-133186, 136552-136554, 169769-169774
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG045

  • OPG045:E22K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG121

  • OPG121:A37V

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG154

  • OPG154:A91V

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG189

  • OPG189:R365K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG153

OPG153:385

OPG197

OPG197:34, OPG197:35
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue