PP_003RMLL.1

Display Name: Portugal/PP_003RMLL.1/2025-07-03
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Sample details

Collection date
2025-07-03
Collection date (lower bound)
2025-07-03
Collection date (upper bound)
2025-07-03
Isolate name
Monkeypox_PT0861_2025
Collection country
Portugal

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-09-01 09:06daniel.sobralOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.4

Authors

Author affiliations
Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

INSDC

Raw reads accession
BioProject accession
BioSample accession

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens
Host name - common
Human

Sequencing

Sequencing date
2025-08-26
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 550
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Alignment and QC metrics

Total stop codons
0
Length
195592
Total SNPs
89
Total inserted nucs
78
Total deleted nucs
82
Total ambiguous nucs
0
Total unknown nucs
7627
Total frame shifts
0
Completeness
95.31%

Submission details

Submission ID
Monkeypox/PT0861/2025
Submitting group
Date submitted
2025-09-01 09:06:36 UTC
Date released
2025-09-01 09:07:09 UTC
Earliest release date
2025-09-01

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C18647T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
    • Deletions
    133177-133186, 179172-179243
    Insertions
    ins_133102:TT, ins_174098:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG031

  • OPG031:R61Q

    • OPG037

  • OPG037:S347F

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:D54N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG121

  • OPG121:E172K

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG209

  • OPG209:S30L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue