PP_0033ZPD.1

Display Name: Sierra_Leone/PP_0033ZPD.1/2025-06-21
Allan K. O. Campbell, Martin Faye, Mohamed Kane, Mignane Ndiaye, Ifeanyi Omah, Andy Mahine Diouf, Mamadou Aliou Barry, Aboubacry Gaye, Moussa Moise Diagne, Aminata Koroma, Joseph Kanu, Mohamed Boie, Zikan Koroma, Doris Harding, Boubacar Diallo, Abdurahmane Sow, Amadou Alpha Sall, Ibrahima Soce Fall, James Squire, Mohamed Alex Vandi & Foday Sahr

Submission details

Submission ID
PL_25_06_17
Submitting group
Date submitted
2025-08-17 21:05:48 UTC
Date released
2025-08-17 21:09:26 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-17 21:05oakcampbell25@gmail.comOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
National Public Health Agency (NPHA) Sierra Leone, Central Public Health Reference Laboratory, Institute Pasteur de Dakar,University of Endinburg

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
98.43%
Frame shifts
OPG071:786-1007(nt:51418-52085),OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
196075
Total ambiguous nucs
1
Total deleted nucs
30
Total frame shifts
2
Total inserted nucs
11
Total SNPs
81
Total stop codons
0
Total unknown nucs
1984

Sample details

Earliest release date
2025-08-17
Collection subdivision level 1
Kambia
Collection country
Sierra Leone
Collection date
2025-06-21
Collection date (lower bound)
2025-06-21
Collection date (upper bound)
2025-06-21

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1496A
  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
    • Deletions
    52075, 52086, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 196614-196617
    Insertions
    ins_133102:TTTTTTTTTT, ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S27L

    • OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N
  • OPG047:R309K

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG071:785, OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue