PP_0033ZB4.1

Display Name: Sierra_Leone/PP_0033ZB4.1/2025-06-26
Allan K. O. Campbell, Martin Faye, Mohamed Kane, Mignane Ndiaye, Ifeanyi Omah, Andy Mahine Diouf, Mamadou Aliou Barry, Aboubacry Gaye, Moussa Moise Diagne, Aminata Koroma, Joseph Kanu, Mohamed Boie, Zikan Koroma, Doris Harding, Boubacar Diallo, Abdurahmane Sow, Amadou Alpha Sall, Ibrahima Soce Fall, James Squire, Mohamed Alex Vandi & Foday Sahr

Sample details

Collection date
2025-06-26
Country
Sierra Leone
Admin level 1
Koinadugu

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-17 21:05oakcampbell25@gmail.comOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
G.1

Authors

Author affiliations
National Public Health Agency (NPHA) Sierra Leone, Central Public Health Reference Laboratory, Institute Pasteur de Dakar,University of Endinburg

Alignment and QC metrics

Length
196076
Completeness
98.69%
# of SNPs
84
# of inserted bases
11
# of deleted bases
28
# of ambiguous bases
11
# of unknown bases
1460
# of frame shifts
1
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Submission details

Submission ID
PL_25_06_047
Submitting group
Date submitted
2025-08-17 21:05:48 UTC
Date released
2025-08-17 21:09:26 UTC
Earliest release date
2025-08-17

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1496A
  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • C18223A
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
    • Deletions
    136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 196614-196617
    Insertions
    ins_133102:TTTTTTTTTT, ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S27L

    • OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N
  • OPG031:L202F

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG075

  • OPG075:E50K

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG192

  • OPG192:V70I

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:A1769T
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue