Display Name: Sierra_Leone/PP_0033TC8.1/2025-05-15
Allan K. O. Campbell, Edyth Parker, Ifeanyi Omah, Choe Miller, Julian Campbell, Vidalyn Folorunso, Naomi Daniel-Sesay, Anu J. Williams, Sia Mani, Roberta Lansana, Amanda Kargbo, Komba Koninga, Harry Adi, Simon Ruhweza, Abu James, Jonathan Greene, Monique Forster, John Klena, Crystal Gigante, Danny Park, Abebaw Kebede, Collins Tanui, Sofonias Tessema, Yenew Kebede, ..., Foday Sahr

Submission details

Submission ID
929_S4
Date submitted
2025-08-16 15:29:27 UTC
Date released
2025-08-16 15:31:29 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Authors

Author affiliations
Central Public Health Reference Laboratory, National Public Health Agency (NPHA) Sierra Leone, Africa Centers for Disease Control and Prevention, U.S. Centers for Disease Control and Prevention, World Health Organization, The Broad Institute of MIT and Harvard Cambridge MA USA, Institute of Genomics and Global Health Redeemer�s University Ede Osun State Nigeria,...

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
99.99%
Frame shifts
OPG153:386-510(nt:136138-136513),OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
197175
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
35
Total frame shifts
2
Total inserted nucs
1
Total SNPs
84
Total stop codons
0
Total unknown nucs
22

Sample details

Earliest release date
2025-08-16
Collection subdivision level 1
Western-Area-Urban
Collection country
Sierra Leone
Collection date
2025-05-15
Collection date (lower bound)
2025-05-15
Collection date (upper bound)
2025-05-15

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G919A
  • C4611T
  • C4814T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • Deletions
    604-609, 136514-136521, 148529-148535, 163207-163214, 196612-196617
    Insertions
    ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N
  • OPG021

  • OPG021:S196L
  • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N
  • OPG025

  • OPG025:D160N
  • OPG031

  • OPG031:D13N
  • OPG036

  • OPG036:S51F
  • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I
  • OPG044

  • OPG044:D17N
  • OPG047

  • OPG047:D187N
  • OPG049

  • OPG049:S95L
  • OPG053

  • OPG053:G38E
  • OPG060

  • OPG060:S107L
  • OPG083

  • OPG083:R341K
  • OPG098

  • OPG098:E162K
  • OPG106

  • OPG106:R29K
  • OPG112

  • OPG112:E85K
  • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K
  • OPG118

  • OPG118:K606E
  • OPG122

  • OPG122:H198Y
  • OPG132

  • OPG132:M357I
  • OPG133

  • OPG133:S616F
  • OPG136

  • OPG136:A327T
  • OPG145

  • OPG145:D29N
  • OPG150

  • OPG150:S43L
  • OPG172

  • OPG172:E56K
  • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L
  • OPG176

  • OPG176:Q22*
  • OPG180

  • OPG180:D442N
  • OPG185

  • OPG185:D68N
  • OPG188

  • OPG188:H120Y
  • OPG190

  • OPG190:P221S
  • OPG198

  • OPG198:E57K
  • OPG204

  • OPG204:E314K
  • OPG205

  • OPG205:R689C
  • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
  • Deletions
    OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue