PP_0033A71.1

Restricted sequence

This sequence is only available under the Restricted Use Terms. If you make use of this data, you must follow the terms of use.
Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PP_0033A71.1/2025-07-25
Tony Wawina-Bokalanga, Eddy Kinganda-Lusamaki, Christian Ngandu, Prince Akil-Bandali, Jeremie Kundey-Mafu, Nadege Ngombe, Laurens Liesenborghs, Princesse Paku-Tshambu, Lorenzo Subissi, Chloe Muswamba-Kayembe, Samy Tessi- Mvutukulu, Jacques Santini-Mafuta, Gradi Luakanda-Ndelemo, Olga Ntumba-Tshitenge, Mory Keita, Israel Cinkobu-Bualukengu, Emmanuel Lokilo-Lofiko, Fiston Cikaya-Kankolongo, Josaphat Sikoti, Cris Kacita, Adelar Lofungola, Judith Tete-Sitra, Raphael Lumembe-Numbi, Elzedeck Mabika-Bope, ..., Placide Mbala-Kingebeni

Submission details

Submission ID
25MPX-284865B
Submitting group
Date submitted
2025-08-14 08:35:06 UTC
Date released
2025-08-14 08:35:34 UTC

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-08-14 08:35eddylusamakiRESTRICTED until 2026-08-14
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
93.28%
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
187154
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
123
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
50
Total SNPs
74
Total stop codons
0
Total unknown nucs
3263

Sample details

Earliest release date
2025-08-14
Collection subdivision level 1
Kinshasa
Collection country
Democratic Republic of the Congo
Collection date
2025-07-25
Collection date (lower bound)
2025-07-25
Collection date (upper bound)
2025-07-25
Isolate name
25MPX-284865B

Host

Host name - scientific
Homo sapiens

Sequencing

Sequencing instrument
GridION
Sequencing protocol
amplicon sequencing

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • T28175C
  • C30636T
    • Deletions
    136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 179145-179243
    Insertions
    ins_170904:T, ins_133102:TTT, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue