PP_003203M.1

Ireland/PP_003203M.1/2025-06-09
Laura Fahey, Michael Carr, Alan Rice, Brian Keogan, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Dublin, Ireland

Sample details

Collection date
2025-06-09
Sampling location
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-05 15:51lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing instrument
Illumina NextSeq 1000
Depth of coverage
1169

Submission details

Submission ID
hMPXV/Ireland/NVRL-GIRL00044316/2025
Submitting group
Date submitted
2025-08-05 15:51:36 UTC
Date released
2025-08-05 15:53:24 UTC
Earliest release date
2025-08-05

Alignment and QC

Length
190702 (89.5%)
# of SNPs
85
# of deleted bases
26
# of unknown bases
14313
# of stop codons
1
Stop Codons
OPG178:40

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • G6788A
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C16616T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
Deletions

602-609, 62041, 133177-133186, 150561-150567
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG029

  • OPG029:D152N

OPG037

  • OPG037:S347F

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:D54N

OPG084

  • OPG084:S511F

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG121

  • OPG121:E172K

OPG131

  • OPG131:D5N

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG178

  • OPG178:Q40*

OPG198

  • OPG198:E247K

OPG204

  • OPG204:E214K

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue