PP_003202P.1

Ireland/PP_003202P.1/2025-03-28
Laura Fahey, Michael Carr, Alan Rice, Brian Keogan, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Dublin, Ireland

Sample details

Collection date
2025-03-28
Sampling location
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-05 15:51lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.1.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing instrument
Illumina NextSeq 1000
Depth of coverage
1173

Submission details

Submission ID
hMPXV/Ireland/NVRL-GIRL00026845/2025
Submitting group
Date submitted
2025-08-05 15:51:36 UTC
Date released
2025-08-05 15:53:24 UTC
Earliest release date
2025-08-05

Alignment and QC

Length
190714 (77.5%)
# of SNPs
83
# of deleted bases
14
# of unknown bases
37979

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • G4133A
  • G9229A
  • G12285A
  • G13563A
  • G15428A
  • A18769G
  • G23110A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
Deletions

606-609, 133177-133186
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG023

  • OPG023:R206C

OPG025

  • OPG025:P569S

OPG038

  • OPG038:S17L

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG055

  • OPG055:L138H

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:R291K
  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:R665C

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG159

  • OPG159:N130C

OPG164

  • OPG164:D67N

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG185

  • OPG185:T258I

OPG188

  • OPG188:E229K

OPG189

  • OPG189:R179K

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue