PP_003201R.1

Ireland/PP_003201R.1/2025-03-24
Laura Fahey, Michael Carr, Alan Rice, Brian Keogan, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Dublin, Ireland

Sample details

Collection date
2025-03-24
Sampling location
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-05 15:51lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.3.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing instrument
Illumina NextSeq 1000
Depth of coverage
1142

Submission details

Submission ID
hMPXV/Ireland/NVRL-GIRL00024893/2025
Submitting group
Date submitted
2025-08-05 15:51:36 UTC
Date released
2025-08-05 15:53:24 UTC
Earliest release date
2025-08-05

Alignment and QC

Length
190709 (85.9%)
# of SNPs
88
# of inserted bases
1
# of deleted bases
20
# of unknown bases
21366

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • C26734T
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
Deletions

606-609, 133177-133186, 174531-174536
Insertions

ins_161550:A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG036

  • OPG036:M1I

OPG042

  • OPG042:D122N

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:L56F
  • OPG074:R665C

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:S80L
  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG111

  • OPG111:D313N

OPG113

  • OPG113:E831K

OPG118

  • OPG118:S478L
  • OPG118:K606E

OPG123

  • OPG123:P615S

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG133

  • OPG133:D411N
  • OPG133:M580I

OPG136

  • OPG136:D98N
  • OPG136:V886I

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG164

  • OPG164:S7L

OPG176

  • OPG176:D140N
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue