PP_003201R.1

Display Name: Ireland/PP_003201R.1/2025-03-24
Laura Fahey, Michael Carr, Alan Rice, Brian Keogan, Daniel Hare & Cillian F. De Gascun

Sample details

Collection date
2025-03-24
Collection date (lower bound)
2025-03-24
Collection date (upper bound)
2025-03-24
Collection country
Ireland

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-05 15:51lfaheyOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
E.3

Authors

Author affiliations
National Virus Reference Laboratory, University College Dublin, Dublin, Ireland

INSDC

GCA accession
BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession

Host

Host name - scientific
Homo sapiens

Sequencing

Sequencing instrument
Illumina NextSeq 1000
Depth of coverage
1142

Alignment and QC metrics

Total stop codons
0
Length
190709
Total SNPs
88
Total inserted nucs
1
Total deleted nucs
20
Total ambiguous nucs
0
Total unknown nucs
21366
Total frame shifts
0
Completeness
85.88%

Submission details

Submission ID
hMPXV/Ireland/NVRL-GIRL00024893/2025
Submitting group
Date submitted
2025-08-05 15:51:36 UTC
Date released
2025-08-05 15:53:24 UTC
Earliest release date
2025-08-05

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • C26734T
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
    • Deletions
    606-609, 133177-133186, 174531-174536
    Insertions
    ins_161550:A

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG042

  • OPG042:D122N

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:L56F
  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:S80L
  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG111

  • OPG111:D313N

    • OPG113

  • OPG113:E831K

    • OPG118

  • OPG118:S478L
  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:P615S

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG133

  • OPG133:D411N
  • OPG133:M580I

    • OPG136

  • OPG136:D98N
  • OPG136:V886I

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:S7L

    • OPG176

  • OPG176:D140N
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue