PP_0031W1X.1

Display Name: Cote_d'Ivoire/PP_0031W1X.1/2022-11-03
Carme Riutord-Fe, Jasmin Schlotterbeck, Lorenzo Lagostina, Leonce Kouadio, Harriet R. Herridge, Moritz J. S. Jochum, Nea Yves Noma, Ane Lopez-Morales, Donata Hoffmann, Sten Calvelage, Hjalmar Kuhl, Alexander Mielke, Catherine Crockford, Roman M. Wittig, Martin Beer, Sery Gonedele-Bi, Jan F. Gogarten, Sebastien Calvignac-Spencer, Ariane Dux, Livia V. Patrono & Fabian H. Leendertz

Sample details

Collection date
2022-11-03
Country
Cote d'Ivoire
Admin level 1
Bas-Sassandra District
Admin level 2
Taï National Park
Culture ID
no

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-07-22 13:51hioh2025OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIa
Outbreak
None
Lineage
None

Authors

Author affiliations
Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany, Tai Chimpanzee Project, Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire, Abidjan, Côte d’Ivoire; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic...

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Sampling

Collection device
2ml Cryotube, scalpel and tweezers
Collection method
necropsy

Host

Host name - scientific
Funisciurus pyrropus

Sequencing

Sequencing date
2024-10-11
Sequencing instrument
Illumina MiniSeq
Sequencing protocol
hybridization capture
Depth of coverage
114

Alignment and QC metrics

Length
181440
Completeness
92.12%
# of SNPs
354
# of inserted bases
273
# of deleted bases
516
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
6
# of frame shifts
5
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG037:442-443(nt:21105-21110),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG195:74-222(nt:168448-168895)

Submission details

Submission ID
MPXV/CotedIvoire/Funisciurus_pyrropus_N221103/TaiNationalPark/03-11-2022
Submitting group
Date submitted
2025-07-22 13:51:58 UTC
Date released
2025-07-22 13:52:33 UTC
Earliest release date
2025-07-22

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • A6872C
  • A6900G
  • T6902C
  • A6920C
  • T6921G
  • A6923G
  • G6924C
  • A6927C
  • T6985A
  • T6989C
  • C6990G
  • G6992C
  • G7186A
  • C7864T
  • G7927A
  • T7950G
  • T8015C
  • A8143T
    • Deletions
    6863-6869, 6874-6895, 6906-6917, 6934-6983, 6994-7060, 7067-7080, 7579, 8055, 8499, 8993, 15700, 15701, 21111, 24232-24234, 25368-25370, 32210-32212, 33199, 33414, 91246-91251, 132813, 133090-133102, 133177-133186, 133428, 136555, 140134-140142, 150569-150602, 156414, 156415, 156548, 156549, 157678-157696, 158027-158029, 158170, 161541, 163207-163214, 166103-166116, 166656, 166657,...
    Insertions
    ins_6925:G, ins_7435:GTA, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_12984:AT, ins_16622:ATC, ins_19099:T, ins_19325:TGTAAA, ins_19352:NNNA, ins_22482:TTCTAT, ins_24309:TAAAATAATTATTCCTTACATCGTACCCATCAATATAA, ins_29760:ATTCCATTCCATTCCATTCCATTCCATTCCATNNNNNNNNNNTCC, ins_62041:A, ins_80577:GA, ins_80613:AT, ins_116671:ATTACTATTACTATTACT, ins_132445:TATCAAGAT, ins_133154:T,...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG019

  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:V114I
  • OPG023:D386N
  • OPG023:V426A
  • OPG023:T488A

    • OPG025

  • OPG025:C520Y

    • OPG031

  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:M212I

    • OPG035

  • OPG035:G15S

    • OPG036

  • OPG036:D25E

    • OPG040

  • OPG040:A168T
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG044

  • OPG044:V63A

    • OPG045

  • OPG045:E20D

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:L166I
  • OPG047:D229N
  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M
  • OPG049:P276S

    • OPG052

  • OPG052:R11Q

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG055

  • OPG055:A118T

    • OPG056

  • OPG056:C203Y
  • OPG056:D218V
  • OPG056:V323A

    • OPG063

  • OPG063:V149I

    • OPG064

  • OPG064:A88T

    • OPG065

  • OPG065:A35V

    • OPG071

  • OPG071:L411W

    • OPG074

  • OPG074:I441V
  • OPG074:S459F

    • OPG084

  • OPG084:Q620R

    • OPG089

  • OPG089:E178A

    • OPG092

  • OPG092:Q20K

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG102

  • OPG102:H192Y

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:E110A
  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V
  • OPG105:S1083N

    • OPG107

  • OPG107:K153E

    • OPG108

  • OPG108:A2V
  • OPG108:V4A

    • OPG110

  • OPG110:V80I
  • OPG110:A135T

    • OPG113

  • OPG113:A3T
  • OPG113:A543T

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:A281V
  • OPG118:G381D
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:A261V

    • OPG123

  • OPG123:V29A

    • OPG125

  • OPG125:H97N
  • OPG125:L399I
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63A

    • OPG134

  • OPG134:A43V

    • OPG135

  • OPG135:V90A

    • OPG140

  • OPG140:H74N

    • OPG145

  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P

    • OPG150

  • OPG150:N100D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:T343A
  • OPG153:I355T
  • OPG153:H408Y

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46I
  • OPG163:I103V

    • OPG164

  • OPG164:Y217H

    • OPG170

  • OPG170:G31D

    • OPG172

  • OPG172:M145T
  • OPG172:D167V

    • OPG173

  • OPG173:T30A

    • OPG174

  • OPG174:C285Y

    • OPG176

  • OPG176:D24N

    • OPG181

  • OPG181:A132V

    • OPG185

  • OPG185:T22I
  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:A195E

    • OPG189

  • OPG189:C506R

    • OPG191

  • OPG191:F80C

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:K230E

    • OPG204

  • OPG204:N178K
  • OPG204:E289K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:H473R

    • OPG208

  • OPG208:T53I

    • OPG209

  • OPG209:G187R

    • OPG210

  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:S704Y
  • OPG210:S781P
  • OPG210:T928A
    • Deletions
    OPG040:37, OPG049:314, OPG159:124-126, OPG191:166, OPG195:73, OPG197:49
    Insertions
    ins_OPG029:154:D, ins_OPG047:479:XXXXGMEWNGMEWNG, ins_OPG135:84:SNSNSN, ins_OPG189:31:NSS, ins_OPG197:35:TDVTN

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue