Pathoplexus
Mpox Virus
Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus
Ebola Sudan
Ebola Zaire
HMPV
Mpox Virus
RSV-A
RSV-B
West Nile Virus
Browse
Submit
SeqSets
News
About
Docs
Login
Pathoplexus
Browse
Submit
SeqSets
News
About
Docs
Login
API docs
Governance
Funding
Contact
Status
PP_002ZL8X.1
Download
Download FASTA
Download metadata TSV
Display Name: USA/PP_002ZL8X.1/2025-06
C. Gigante,
E. Mann,
L. Gagne,
M. Doucette,
C. Brown,
C. Hughes,
J. Deng,
J. Takakuwa,
K. Wilkins,
W. Davidson,
I. Tharpe,
S. Pillai,
L. Madoff,
E. Fortes,
B. Sabina,
N. Epie,
S. Bhattacharyya &
C. Hutson
Submission details
Submission ID
PV849428.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2025-06-30 12:53:15 UTC
Date released
2025-06-30 12:53:35 UTC
Data use terms
Data use terms
OPEN
✕
Data Use Terms History
Changed
User
Data Use Terms
2025-06-30 12:53
insdc_ingest_user
OPEN
Close
(history)
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data
Authors
Author affiliations
CDC, DHCPP-PRB
INSDC
BioProject accession
PRJNA849962
INSDC accession
PV849428.1
NCBI release date
2025-06-30
NCBI update date
2025-06-30
Clade & Lineage
Clade
Ib
Lineage
None
Outbreak
None
Alignment and QC metrics
Completeness
99.94%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Length
195367
Stop codons
OPG175:98
Total ambiguous nucs
6
Total deleted nucs
3277
Total frame shifts
8
Total inserted nucs
1539
Total SNPs
861
Total stop codons
1
Total unknown nucs
11
Sample details
Earliest release date
2025-06-30
Collection subdivision level 1
MA
Collection country
USA
Collection date
2025-06
Collection date (lower bound)
2025-06-01
Collection date (upper bound)
2025-06-30
Isolate name
MPXV_USA_2025_MA0100
Host
Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID
9606
Nucleotide mutations
Mutations called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
T
128
C
T
466
C
G
475
A
C
630
A
T
720
C
G
749
A
A
1093
G
C
1201
T
A
1309
G
A
1504
G
A
1687
G
A
1813
C
T
1814
G
T
2086
G
C
2391
A
T
2554
C
C
2659
T
G
2967
A
Show more
Deletions
600-609, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813,...
Show more
Insertions
ins_190052:NN, ins_178722:ATATATATATATATATATATATATAT, ins_169774:ACAGATACAGATACAGATACAGATACAGAT, ins_156002:AC, ins_188360:ATATA, ins_22482:TTCTATTTCTAT, ins_16543:ATTA, ins_132445:TATCAAGAT, ins_172092:A, ins_169600:ATGA, ins_189180:A, ins_6644:A, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_168226:T, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTA...
Show more
Amino acid mutations
Mutations called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
OPG002
OPG002:
A
121
S
OPG002:
N
313
T
OPG005
OPG005:
S
3
F
OPG005:
N
74
D
OPG015
OPG015:
V
4
A
OPG015:
I
48
T
OPG015:
L
136
F
OPG015:
A
249
T
OPG016
OPG016:
S
63
A
OPG016:
E
80
V
OPG016:
D
121
E
OPG019
OPG019:
G
112
C
OPG019:
M
124
R
OPG021
OPG021:
V
38
I
OPG021:
S
219
L
OPG021:
K
230
R
OPG022
OPG022:
G
73
D
OPG023
OPG023:
M
109
I
OPG023:
V
174
A
OPG023:
A
193
S
OPG023:
S
258
L
OPG023:
Y
300
H
OPG023:
C
304
R
OPG023:
V
426
T
OPG023:
T
488
A
OPG023:
L
602
I
OPG023:
K
637
E
OPG024
OPG024:
S
32
G
OPG025
OPG025:
E
393
K
OPG025:
I
425
V
OPG027
OPG027:
I
47
V
OPG027:
V
126
I
OPG029
OPG029:
C
146
R
OPG030
OPG030:
N
12
D
OPG030:
S
113
N
OPG031
OPG031:
T
80
M
OPG031:
D
117
E
OPG031:
C
241
Y
OPG031:
M
271
K
OPG034
OPG034:
P
184
H
OPG034:
L
205
R
OPG036
OPG036:
S
11
P
OPG036:
V
17
I
OPG036:
D
25
E
OPG037
OPG037:
C
144
Y
OPG037:
C
415
R
OPG038
OPG038:
H
27
P
OPG038:
V
78
I
OPG039
OPG039:
C
279
Y
OPG040
OPG040:
M
160
I
OPG040:
P
254
A
OPG040:
Y
374
S
OPG042
OPG042:
T
159
I
OPG043
OPG043:
T
3
A
OPG043:
N
68
S
OPG044
OPG044:
V
63
A
OPG044:
T
109
A
OPG044:
M
148
L
OPG045
OPG045:
A
185
T
OPG046
OPG046:
S
95
N
OPG047
OPG047:
I
232
K
OPG049
OPG049:
E
17
V
OPG049:
M
37
V
OPG049:
T
263
M
OPG054
OPG054:
R
438
G
OPG056
OPG056:
V
323
A
OPG056:
C
622
Y
OPG059
OPG059:
I
26
L
OPG063
OPG063:
V
307
A
OPG064
OPG064:
A
88
S
OPG065
OPG065:
A
17
T
OPG065:
N
23
D
OPG065:
H
61
N
OPG066
OPG066:
K
83
R
OPG066:
H
97
N
OPG066:
K
140
N
OPG066:
L
222
I
OPG068
OPG068:
P
251
S
OPG068:
D
341
E
OPG070
OPG070:
Y
12
H
OPG070:
H
205
Y
OPG071
OPG071:
L
411
W
OPG071:
I
428
T
OPG071:
A
484
S
OPG071:
I
501
V
OPG072
OPG072:
V
10
I
OPG074
OPG074:
N
199
D
OPG074:
I
441
V
OPG076
OPG076:
S
20
N
OPG079
OPG079:
C
45
Y
OPG080
OPG080:
D
321
E
OPG080:
C
382
S
OPG080:
L
521
P
OPG080:
P
582
H
OPG084
OPG084:
S
211
T
OPG084:
Q
620
R
OPG085
OPG085:
S
79
T
OPG085:
T
328
A
OPG085:
F
591
V
OPG089
OPG089:
D
303
E
OPG091
OPG091:
V
62
I
OPG091:
S
73
N
OPG092
OPG092:
I
244
N
OPG094
OPG094:
R
175
T
OPG096
OPG096:
I
68
M
OPG096:
L
75
P
OPG100
OPG100:
R
134
H
OPG100:
K
152
Q
OPG101
OPG101:
T
153
A
OPG102
OPG102:
I
249
V
OPG104
OPG104:
T
12
A
OPG105
OPG105:
V
113
G
OPG105:
I
1070
V
OPG108
OPG108:
V
4
A
OPG108:
T
111
I
OPG109
OPG109:
E
313
K
OPG109:
R
364
S
OPG109:
A
622
T
OPG109:
A
630
T
OPG111
OPG111:
I
77
V
OPG112
OPG112:
H
34
R
OPG113
OPG113:
V
537
I
OPG117
OPG117:
D
454
N
OPG118
OPG118:
K
256
R
OPG118:
N
413
S
OPG118:
V
462
A
OPG118:
K
606
E
OPG120
OPG120:
A
19
T
OPG120:
S
124
L
OPG123
OPG123:
I
172
T
OPG123:
A
313
T
OPG123:
C
436
Y
OPG125
OPG125:
E
111
D
OPG125:
T
493
M
OPG125:
I
514
V
OPG126
OPG126:
A
26
S
OPG130
OPG130:
T
63
V
OPG130:
T
122
A
OPG130:
L
270
I
OPG133
OPG133:
F
594
S
OPG134
OPG134:
E
226
D
OPG135
OPG135:
V
90
E
OPG136
OPG136:
A
229
T
OPG136:
D
267
N
OPG136:
F
283
Y
OPG136:
M
740
I
OPG140
OPG140:
P
39
H
OPG144
OPG144:
T
184
I
OPG145
OPG145:
P
76
Q
OPG145:
I
249
V
OPG145:
I
264
T
OPG145:
A
348
P
OPG145:
Q
463
R
OPG148
OPG148:
I
313
S
OPG150
OPG150:
D
32
N
OPG150:
N
100
D
OPG150:
D
256
E
OPG151
OPG151:
D
6
V
OPG151:
R
273
Q
OPG151:
N
282
D
OPG153
OPG153:
M
14
T
OPG153:
I
355
T
OPG153:
Y
358
H
OPG153:
Q
493
P
OPG154
OPG154:
R
74
H
OPG154:
H
107
R
OPG156
OPG156:
Y
42
S
OPG156:
T
222
A
OPG157
OPG157:
M
24
V
OPG159
OPG159:
T
2
A
OPG159:
L
36
S
OPG160
OPG160:
P
2
S
OPG161
OPG161:
K
67
E
OPG161:
V
88
A
OPG163
OPG163:
V
46
A
OPG164
OPG164:
I
111
V
OPG164:
Y
217
H
OPG165
OPG165:
D
106
N
OPG165:
S
161
L
OPG167
OPG167:
Y
107
S
OPG167:
I
112
V
OPG170
OPG170:
G
31
D
OPG170:
V
96
I
OPG170:
M
111
I
OPG172
OPG172:
A
125
V
OPG172:
M
145
T
OPG172:
Y
160
D
OPG173
OPG173:
N
21
S
OPG174
OPG174:
R
315
C
OPG175
OPG175:
Q
98
*
OPG176
OPG176:
D
24
N
OPG176:
L
227
S
OPG178
OPG178:
I
139
V
OPG181
OPG181:
L
85
M
OPG181:
S
127
Y
OPG185
OPG185:
T
167
A
OPG185:
D
177
E
OPG185:
I
205
T
OPG185:
T
239
I
OPG187
OPG187:
K
300
*
OPG188
OPG188:
S
227
F
OPG188:
V
265
I
OPG188:
S
419
R
OPG189
OPG189:
K
185
R
OPG189:
C
506
H
OPG191
OPG191:
P
50
Q
OPG191:
F
80
C
OPG192
OPG192:
G
100
E
OPG193
OPG193:
I
108
R
OPG193:
E
197
K
OPG195
OPG195:
C
120
S
OPG197
OPG197:
M
1
I
OPG197:
S
18
T
OPG198
OPG198:
N
71
D
OPG198:
I
100
V
OPG198:
Q
133
R
OPG199
OPG199:
D
208
N
OPG199:
K
230
E
OPG200
OPG200:
E
134
G
OPG204
OPG204:
N
178
K
OPG205
OPG205:
W
169
R
OPG205:
C
349
Y
OPG205:
G
354
S
OPG205:
V
621
A
OPG205:
V
690
A
OPG205:
R
733
Q
OPG208
OPG208:
A
34
V
OPG208:
I
142
T
OPG208:
T
300
A
OPG208:
V
311
A
OPG209
OPG209:
I
11
V
OPG209:
L
21
F
OPG210
OPG210:
F
3
L
OPG210:
A
98
D
OPG210:
V
173
I
OPG210:
K
331
N
OPG210:
N
334
I
OPG210:
H
363
R
OPG210:
D
379
G
OPG210:
A
475
V
OPG210:
V
515
A
OPG210:
S
781
P
OPG210:
V
788
A
OPG210:
T
928
A
OPG210:
E
1057
D
OPG210:
A
1305
T
OPG210:
L
1704
R
OPG210:
D
1717
G
Deletions
OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG045:16, OPG045:17, OPG049:314, OPG159:124-126, OPG164:131-146, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG210:734
Insertions
ins_OPG197:35:TDTDTDTDTD, ins_OPG164:212:*, ins_OPG153:376:II, ins_OPG172:3:MMMMMMM, ins_OPG047:483:X, ins_OPG110:79:EEV
Load sequences
Report an issue with this sequence or metadata
Create GitHub issue