PP_002YWF9.1

Display Name: Portugal/PP_002YWF9.1/2025-05-20
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Submission details

Submission ID
Monkeypox/PT0853/2025
Submitting group
Date submitted
2025-06-23 15:32:00 UTC
Date released
2025-06-23 15:32:53 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-06-23 15:32daniel.sobralOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession
Raw reads accession

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.4
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
90.92%
Length
196316
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
79
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
78
Total SNPs
89
Total stop codons
0
Total unknown nucs
17014

Sample details

Earliest release date
2025-06-23
Collection country
Portugal
Collection date
2025-05-20
Collection date (lower bound)
2025-05-20
Collection date (upper bound)
2025-05-20

Host

Host name - common
Human
Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Sequencing

Sequencing date
2025-06-20
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 550
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G10790A
  • G14000T
  • G15428A
  • C16227T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22529T
  • C23564T
  • T28175C
  • C29199T
  • G30367A
    • Deletions
    666, 667, 136552-136554, 179172-179243, 196616, 196617
    Insertions
    ins_133137:NN, ins_174079:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG027

  • OPG027:D51N

    • OPG038

  • OPG038:E211K

    • OPG045

  • OPG045:E22K

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG104

  • OPG104:D25N

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG154

  • OPG154:A91V

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:R34K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG210

  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG153:385
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue