PP_002Y0JY.1

Display Name: Japan/PP_002Y0JY.1/2023-12-04

Sample details

Collection date
2023-12-04
Country
Japan
Isolate name
hMpoxV/Japan/MX24-002-01/202X

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-05-29 03:15insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
C.1.3

Authors

Author affiliations
Shinjuku, Tokyo 162-8640

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-05-23
NCBI update date
2025-05-23
Raw reads accession

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
197203
Completeness
100.00%
# of SNPs
83
# of inserted bases
47
# of deleted bases
53
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
0
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
LC876638.1
Submitting group
Date submitted
2025-05-29 03:15:09 UTC
Date released
2025-05-29 03:15:32 UTC
Earliest release date
2025-05-23

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G29650A
  • G30367A
  • G31053A
  • C33332T
    • Deletions
    606-609, 133177-133186, 150586-150602, 179194-179211, 196614-196617
    Insertions
    ins_0:TTTTAGTACATTAATATTAT, ins_133102:TTT, ins_173317:ATAT, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAA

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG046

  • OPG046:T27I

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG050

  • OPG050:R26Q

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K
  • OPG056:S354L

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG085

  • OPG085:R506Q

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG189

  • OPG189:E136K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue