PP_002XL2D.1

Display Name: Sierra_Leone/PP_002XL2D.1/2025-04-30
Sandi, John D.; Parker, Edyth; Harding, Doris Harding; Kallom, Tiangay P.M.S; Ope-ewe, Oludayo Oluwaseyi; Kamara, Mohamed S.; Sijuwola, Ayotunde Elijah; Saibu, Femi; Specht, Ivan; Fofanah, Ibrahim U.; Eromon, Philomena Ehiaghe; Ozonoff, Al; Soumare, Harouna; Squire, James; Wilkason, Colby; Park, Danny; Levy, Josh; Baudi, Ian; Marrs, Libby; Cronan, Paul; Shin, Christopher; Varilly, Patrick; Nosamiefan, Dolo; Paye, Marietou; ...; Grant, Donald S.

Submission details

Submission ID
G-29007-1
Submitting group
Date submitted
2025-05-27 19:51:18 UTC
Date released
2025-05-27 19:52:23 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-05-27 19:51jsandiOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
National Public Health Agency (NPHA) Sierra Leone, Sierra Leone Ministry of Health, Kenema Government Hospital Sierra Leone, Institute of Genomics and Global Health Redeemer’s University Ede Osun State Nigeria, The Broad Institute of MIT and Harvard Cambridge MA USA, The Scripps Research Institute La Jolla CA 92037 USA, School of Community Health Sciences Njala University Sierra Leone, Fathom Information Design, Boston, MA, USA

INSDC

BioProject accession
BioSample accession
INSDC accession

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
100.00%
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
197138
Total ambiguous nucs
5
Total deleted nucs
92
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
21
Total SNPs
80
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Earliest release date
2025-05-27
Collection subdivision level 1
Bonthe
Collection country
Sierra Leone
Collection date
2025-04-30
Collection date (lower bound)
2025-04-30
Collection date (upper bound)
2025-04-30

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6129T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
    • Deletions
    607-609, 136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 173306-173317, 179194-179211, 192499-192530, 196615-196617
    Insertions
    ins_170904:T, ins_197209:ATAATA, ins_0:TATTAT, ins_133102:TTTTTTTT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D10N
  • OPG015:D18N

    • OPG021

  • OPG021:S196L

    • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N

    • OPG025

  • OPG025:D160N

    • OPG031

  • OPG031:D13N

    • OPG036

  • OPG036:S51F

    • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I

    • OPG044

  • OPG044:D17N

    • OPG047

  • OPG047:D187N

    • OPG049

  • OPG049:S95L

    • OPG053

  • OPG053:G38E

    • OPG060

  • OPG060:S107L

    • OPG083

  • OPG083:R341K

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG106

  • OPG106:R29K

    • OPG112

  • OPG112:E85K

    • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG132

  • OPG132:M357I

    • OPG133

  • OPG133:S616F

    • OPG136

  • OPG136:A327T

    • OPG145

  • OPG145:D29N

    • OPG150

  • OPG150:S43L

    • OPG172

  • OPG172:E56K

    • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L

    • OPG176

  • OPG176:Q22*

    • OPG180

  • OPG180:D442N

    • OPG185

  • OPG185:D68N

    • OPG188

  • OPG188:H120Y

    • OPG190

  • OPG190:P221S

    • OPG198

  • OPG198:E57K

    • OPG204

  • OPG204:E314K

    • OPG205

  • OPG205:R689C

    • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
    • Deletions
    OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue