PP_0015K6S.1

Portugal/PP_0015K6S.1/2025-03-05
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

Sample details

Collection date
2025-03-05
Sampling location
Portugal

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-05-05 14:46daniel.sobralOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.3.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession
Raw reads accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing date
2025-05-03
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 550
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Submission details

Submission ID
Monkeypox/PT0843/2025
Submitting group
Date submitted
2025-05-05 14:46:56 UTC
Date released
2025-05-05 14:48:35 UTC
Earliest release date
2025-05-05

Alignment and QC

Length
195855 (98.1%)
# of SNPs
96
# of inserted bases
82
# of deleted bases
88
# of unknown bases
2354

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
Deletions

133177-133186, 174531-174536, 179172-179243
Insertions

ins_133102:TT, ins_163214:AACT, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG036

  • OPG036:M1I

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:L56F
  • OPG074:R665C

OPG084

  • OPG084:E375K

OPG089

  • OPG089:E109K

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:S80L
  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:S478L
  • OPG118:K606E

OPG123

  • OPG123:P615S

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG133

  • OPG133:M580I

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG164

  • OPG164:S7L

OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG198

  • OPG198:S179L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue