PP_0015K6S.1

Display Name: Portugal/PP_0015K6S.1/2025-03-05
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Sample details

Collection date
2025-03-05
Country
Portugal

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-05-05 14:46daniel.sobralOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.3.1

Authors

Author affiliations
Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession
Raw reads accession

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens
Host name - common
Human

Sequencing

Sequencing date
2025-05-03
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 550
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Alignment and QC metrics

Length
195855
Completeness
98.12%
# of SNPs
96
# of inserted bases
82
# of deleted bases
88
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
2354
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
Monkeypox/PT0843/2025
Submitting group
Date submitted
2025-05-05 14:46:56 UTC
Date released
2025-05-05 14:48:35 UTC
Earliest release date
2025-05-05

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
    • Deletions
    133177-133186, 174531-174536, 179172-179243
    Insertions
    ins_133102:TT, ins_163214:AACT, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:L56F
  • OPG074:R665C

    • OPG084

  • OPG084:E375K

    • OPG089

  • OPG089:E109K

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:S80L
  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:S478L
  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:P615S

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG133

  • OPG133:M580I

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:S7L

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG198

  • OPG198:S179L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue