PP_0015K4W.1

Portugal/PP_0015K4W.1/2025-04-10
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

Sample details

Collection date
2025-04-10
Sampling location
Portugal

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-05-05 14:46daniel.sobralOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession
Raw reads accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing date
2025-05-03
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 550
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Submission details

Submission ID
Monkeypox/PT0848/2025
Submitting group
Date submitted
2025-05-05 14:46:56 UTC
Date released
2025-05-05 14:48:35 UTC
Earliest release date
2025-05-05

Alignment and QC

Length
195570 (98%)
# of SNPs
93
# of inserted bases
78
# of deleted bases
85
# of unknown bases
2248

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G10790A
  • G14000T
  • G15428A
  • C16227T
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22529T
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • C29199T
Deletions

133177-133186, 136552-136554, 179172-179243
Insertions

ins_133102:TT, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG027

  • OPG027:D51N

OPG038

  • OPG038:E211K

OPG045

  • OPG045:E22K

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG104

  • OPG104:D25N

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG154

  • OPG154:A91V

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:R34K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG153

OPG153:385
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue