PP_0015JZ6.1

Display Name: USA/PP_0015JZ6.1/2025-02-18
Roychoudhury, P.; Xie, X.; Ellis, S.; Greninger, A.

Submission details

Submission ID
PV592658.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2025-05-02 12:38:41 UTC
Date released
2025-05-02 12:38:58 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-05-02 12:38insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
University of Washington, Laboratory Medicine and Pathology

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
100.00%
Length
197156
Total ambiguous nucs
2
Total deleted nucs
62
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
9
Total SNPs
106
Total stop codons
0
Total unknown nucs
6

Sample details

Earliest release date
2025-05-02
Collection subdivision level 1
Washington
Collection country
USA
Collection date
2025-02-18
Collection date (lower bound)
2025-02-18
Collection date (upper bound)
2025-02-18
Isolate name
WA-UW-97972

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PV592658.1
NCBI release date
2025-05-02
NCBI update date
2025-05-02

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • G5052A
  • C7771T
  • G11668A
  • G14000T
  • G15428A
  • G16986A
  • A18769G
  • C19070T
  • G19834A
  • C20453T
  • G20669A
  • G21723A
  • G23100A
    • Deletions
    602-609, 133177-133186, 150586-150602, 172885, 179194-179211, 196610-196617
    Insertions
    ins_173317:ATAT, ins_192403:TA, ins_133102:TTT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG034

  • OPG034:P58S

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG060

  • OPG060:R120C

    • OPG064

  • OPG064:D391N

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG085

  • OPG085:V156I

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG111

  • OPG111:R206Q

    • OPG117

  • OPG117:S297L

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG130

  • OPG130:S159F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:L135F
  • OPG176:H221Y

    • OPG188

  • OPG188:M489I

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG200

  • OPG200:S56F

    • OPG208

  • OPG208:P69S

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue