Display Name: USA/PP_0015JWC.1/2025-04-01
Gagne, L.; Doucette, M.; Fortes, E.; Bhattacharya, S.; Epie, N.

Submission details

Submission ID
PV584373.1
Date submitted
2025-05-01 03:07:39 UTC
Date released
2025-05-01 03:08:04 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Authors

Author affiliations
Massachusetts State Public Health Laboratory, Department of Public Health

INSDC

Bioproject accession
Biosample accession
INSDC accession
NCBI release date
2025-04-30
NCBI update date
2025-04-30

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
A.2.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
97.68%
Frame shifts
OPG174:290-347(nt:148355-148528)
Length
195588
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
123
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
50
Total SNPs
79
Total stop codons
0
Total unknown nucs
3018

Sample details

Earliest release date
2025-04-30
Collection subdivision level 1
MA
Collection country
USA
Collection date
2025-04
Collection date (lower bound)
2025-04-01
Collection date (upper bound)
2025-04-30
Isolate name
MPXV_USA_2025_MA0232

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • Deletions
    136546-136554, 148529-148535, 163207-163214, 179145-179243
    Insertions
    ins_170904:T, ins_173362:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_133122:NNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N
  • OPG021

  • OPG021:S196L
  • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N
  • OPG025

  • OPG025:D160N
  • OPG031

  • OPG031:D13N
  • OPG036

  • OPG036:S51F
  • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I
  • OPG044

  • OPG044:D17N
  • OPG047

  • OPG047:D187N
  • OPG049

  • OPG049:S95L
  • OPG053

  • OPG053:G38E
  • OPG060

  • OPG060:S107L
  • OPG083

  • OPG083:R341K
  • OPG092

  • OPG092:D90N
  • OPG098

  • OPG098:E162K
  • OPG106

  • OPG106:R29K
  • OPG112

  • OPG112:E85K
  • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG118

  • OPG118:K606E
  • OPG122

  • OPG122:H198Y
  • OPG132

  • OPG132:M357I
  • OPG133

  • OPG133:S616F
  • OPG136

  • OPG136:A327T
  • OPG145

  • OPG145:D29N
  • OPG150

  • OPG150:S43L
  • OPG172

  • OPG172:E56K
  • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L
  • OPG176

  • OPG176:Q22*
  • OPG180

  • OPG180:D442N
  • OPG185

  • OPG185:D68N
  • OPG188

  • OPG188:H120Y
  • OPG190

  • OPG190:P221S
  • OPG198

  • OPG198:E57K
  • OPG204

  • OPG204:E314K
  • OPG205

  • OPG205:R689C
  • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
  • Deletions
    OPG153:383-385, OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue