PP_0014G09.1

Slovakia/PP_0014G09.1/2025-01-13
T. Sladecek

Science Park of Comenius University of Bratislava, Ilkovicova 8, 841 04 Bratislava

Sample details

Collection date
2025-01-13
Sampling location
Slovakia
Isolate name
RNA

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-03-30 04:46insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-03-29
NCBI update date
2025-03-30
Raw reads accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
OZ246959.1
Submitting group
Date submitted
2025-03-30 04:46:00 UTC
Date released
2025-03-30 04:46:16 UTC
Earliest release date
2025-03-29

Alignment and QC

Length
186428 (94%)
# of SNPs
75
# of inserted bases
9
# of deleted bases
112
# of unknown bases
1085

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C7771T
  • G11668A
  • C13171T
  • G14000T
  • G15428A
  • G16748A
  • G16767A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • C33076T
  • G34459A
  • G35132A
Deletions

133177-133186, 136552-136554, 179145-179243
Insertions

ins_133102:TTTTT, ins_173317:ATAT

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG024

  • OPG024:D20N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG029

  • OPG029:R108C

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG049

  • OPG049:D26N

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG117

  • OPG117:S297L

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG185

  • OPG185:T219I

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG153

OPG153:385
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue