PP_0014AKA.1

Portugal/PP_0014AKA.1/2025-01-07
Daniel Sobral, Rita Cordeiro, Luis Coelho, Rita Ferreira, Vitor Borges & Joao Paulo Gomes

Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

Sample details

Collection date
2025-01-07
Sampling location
Portugal

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-03-03 17:24daniel.sobralOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.2.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession
Raw reads accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing date
2025-02-28
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 550
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Submission details

Submission ID
Monkeypox/PT0839/2025
Submitting group
Date submitted
2025-03-03 17:24:31 UTC
Date released
2025-03-03 17:28:52 UTC
Earliest release date
2025-03-03

Alignment and QC

Length
195592 (92.5%)
# of SNPs
84
# of inserted bases
82
# of deleted bases
89
# of unknown bases
13155
# of frame shifts
1
Frame shifts
OPG176:174-241(nt:150328-150531)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • A18769G
  • G19458A
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
  • G38360A
Deletions

133177-133186, 150327, 169769-169774, 179172-179243
Insertions

ins_133102:TT, ins_136554:ATC, ins_150585:G, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG034

  • OPG034:S183L

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG064

  • OPG064:E623K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG104

  • OPG104:S67F

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:G4E
  • OPG118:K606E

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG188

  • OPG188:E12K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG204

  • OPG204:T332I

OPG208

  • OPG208:S91L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG197

OPG197:34, OPG197:35
Insertions

OPG153

ins_OPG153:385:D

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue