PP_001410Q.1

Display Name: Central_African_Republic/PP_001410Q.1/2023-08-27
Malaka, Christian; Patrono, Livia Victoria; Tombolomako, Thais Berenger; Farra, Ella; Garba-Ouangole, Sandra; Sibiro-Demi, Ornella; Loerke, Jenny; Mbrenga, Festus; Singa Niatou, Frederic Stephane; Rambaut, Andrew; Lemey, Philippe; Calvignac-Spencer, Sebastien; Nakoune, Emmanuel; Somse, Pierre; Leendertz, Fabian; Boum II, Yap

Submission details

Submission ID
hMpxV/CAR/23-096/Lobaye/Mbaiki/NA/27-08-2023
Submitting group
Date submitted
2025-02-21 10:05:23 UTC
Date released
2025-02-21 10:16:09 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-02-21 10:05liviavictoriaOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Insttut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic; World Wide Fund for Nature, Bayanga, Central African Republic; Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, Scotland; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, Laboratory for Clinical and Epidemiological Virology, KU Leuven, Leuven, Belgium; Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Ministère de la Santé et de la Population, Bangui, Central African Republic; Institut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic; Institut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic

INSDC

Bioproject accession
Biosample accession
INSDC accession

Clade & Lineage

Clade
Ia
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment and QC metrics

Completeness
74.73%
Frame shifts
OPG164:213-227(nt:143412-143458),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:43-101(nt:169795-169972),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Length
190405
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3063
Total frame shifts
5
Total inserted nucs
2748
Total SNPs
612
Total stop codons
0
Total unknown nucs
43337

Sample details

Culture ID
no
Earliest release date
2025-02-21
Collection subdivision level 1
Lobaye
Collection subdivision level 2
Mbaiki
Collection country
Central African Republic
Collection date
2023-08-27
Collection date (lower bound)
2023-08-27
Collection date (upper bound)
2023-08-27

Sequencing

Depth of coverage
12
Sequencing instrument
Illumina MiniSeq

Host

Host name scientific
Homo sapiens

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C6904T
  • T7648C
  • C7756A
  • T7950G
  • A8066G
  • C8603A
  • T8694G
  • A8810G
  • A8830G
  • A8893C
  • T8923C
  • G9139A
  • T9161G
  • A9376G
  • C9404T
  • T9509A
  • C10242T
  • A10267C
    • Deletions
    7021-7026, 7148-7151, 7415, 8055, 8384, 8385, 8454-8457, 8471, 8499, 8919, 9054, 9282, 9529, 15549, 15550, 15747, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 28551, 28590-28608, 32210-32212, 33180, 33414, 41937, 46506-46508, 46596, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132965, 133177-133201, 133493-133945, 139450-139452, 140172-140180, 142777, 143459, 144341, 145892, 145979-145981, 146863, 146864, 146884-146895, 146969, 150551, 151022-151026, 151052, 152267-152269, 154354, 154355, 155440, 156210, 156371-158634, 160043, 166656, 166657, 166728, 169769-169794, 172149, 173286-173317, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 178328, 181114-181122, 183567-183569, 187268, 187775, 189744, 190198, 190199, 190402, 192435-192517, 194969-194971, 196608-196617
    Insertions
    ins_136530:AACATCATCATCATCATCATCATCATC, ins_156002:AC, ins_168181:A, ins_132444:NNNNNNNNN, ins_10457:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_19350:T, ins_169558:N, ins_177857:NNATCTCAATCNNNNNNN, ins_173690:T, ins_13352:NNNNNNNNNNNTA, ins_29763:CNNNNNNNNNNNNNT, ins_166104:NNNNNNN, ins_146045:ATTACAATACATTTTTATCATAACA, ins_190959:AA, ins_6527:T, ins_21081:A, ins_143411:NNNNNNNNNNNNCAAT, ins_188736:N, ins_8608:ATANNNNNNNNNNN, ins_22477:NNNNNN, ins_16419:NNNN, ins_147426:NNNNNNNNNATG, ins_179225:T, ins_25551:TGT, ins_155846:N, ins_10442:NNNNATNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_178048:TT, ins_169621:NNN, ins_146941:N, ins_190059:CA, ins_150635:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_89913:NNNNNNNNN, ins_187083:A, ins_173203:N, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTCGTTCAAACTTAATCTTATTAGAATATTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_188352:NNNNN, ins_62041:A, ins_165055:NN, ins_178158:TT, ins_188578:G, ins_51416:T, ins_169600:ATGA, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTTAAAGTNNNNNNNNNNGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATTGGACCATTCTCCTCCTGAACACATGACACCAGAGTTACCAATCAACGAATATCCACTATTGCAACTATAAGTTACAATGCTCCCATCGATNTAAAAATCCTCGTATCCGTTATGTCTTCCGTTGGATATAGATGGAGGTGATTGGCATTTAACAGATTCGCAAATAGGTGCCTCAGGATTCCATACCATAGATCCAGTAGATCCTAATTCACAATACGATTTAGATTCACCGATCAAATGATNNNNNCTATTACAAGAGTACGTTATACTAGAGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGCTTTCTGTATCCAGGTAGACATAGATATTCTATAGTGTCTCCTATGTTGTAATTAGCATCAGTCTCTACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAGGAACGTCACGCTCTCCACCTTCATATTTATTTATCCGTAAAANGNNNNCCTGGACATCGTACAAATAATAAAAAGCCCATATATATGTTCGCTATTGTAGAAATTGTTTTTCACAGTTGCTCAAAAACAATGGCAGNNACTTATGAGNNNNNNNNNNNNNNNAGTCTCATCTTTAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTAAGATATAATCACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANANGTACAATTCTATCCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTATAGATAATTACGAGTCTCATGAGTAATTCCAGTAATNGCATAGATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAACTNNNNNNNNNCGTCTAGGCATGGGAGACTTTNNNNNCCAACGATTTTTAGTGAAACATTCCACATCGTTTAATACTACATATTTCTCATAGTGGTATAAACTCCACCCATTACATATATATCATCGTTTACGAATACTGATGCGCCTGAATATCTAGGAGTGATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGCTATACCCGTTGAAATAGAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACCGTTTTCCATTTTTTTTGTTTTAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNNNNGTCTATTGNTAATCATGCCGCCANNNNNNNNNNNNCAATTATGTAAAACATTTGCATCATAGAATTGTCTATCTGTATTACCGACTATCGTCCAATATTCTGTTCTAGGAGAGTAATGGGTTATTGTGGATATATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTNGTGTCNNNNNNNNNNNGATTTNGANNNAGTTAATCCCAACAATGCTATAGCATTGCATATAGCATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGNNNNNANNTACATCGTTTGGATNNNNNNNNNTNNACTTTAATAATATTATAGCGTAACATCCTCATGATTTACGTTAACGTTTTCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCATCCTTTGATAATTTTNNNNNNNC, ins_189195:N, ins_24338:TAA, ins_174466:N, ins_179234:T, ins_168226:T, ins_163248:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_160022:CGA, ins_196580:CTCTCTT, ins_9568:TT, ins_148280:G, ins_160038:A, ins_136560:NNNATCATC, ins_7435:GTA, ins_170036:N, ins_195519:T, ins_9267:N, ins_167324:NN, ins_155502:GATATGAT, ins_196454:TGT, ins_192611:A, ins_181317:TA, ins_6983:T, ins_47779:ATT, ins_187944:A, ins_170918:AGNNNNNNNNNNN, ins_148351:AA, ins_23184:TACGATGCAATGAGTAAGACAATAG

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG005

  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

    • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

    • OPG019

  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:L205R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y

    • OPG038

  • OPG038:H27P

    • OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG044

  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:T602N
  • OPG056:C622Y

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T

    • OPG074

  • OPG074:N199D

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P

    • OPG084

  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG089:E337K

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG119

  • OPG119:T88R

    • OPG120

  • OPG120:H213R

    • OPG123

  • OPG123:I172T

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:F283Y

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:I261M

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:V88A

    • OPG164

  • OPG164:I111V

    • OPG165

  • OPG165:D106N

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG176

  • OPG176:D24N

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M

    • OPG185

  • OPG185:I205T

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:D52G

    • OPG205

  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A

    • OPG208

  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:D379G
  • OPG210:S781P
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:N1600S
  • OPG210:D1717G
    • Deletions
    OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG049:314, OPG157:65, OPG159:136-138, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:34-42, OPG210:738
    Insertions
    ins_OPG164:228:XXXXX, ins_OPG153:385:DVDDDDDD, ins_OPG153:369:DDXX, ins_OPG047:483:XXXXX, ins_OPG110:94:XXX, ins_OPG205:734:XSQSXX

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue