PP_001410Q.1

Central_African_Republic/PP_001410Q.1/2023-08-27
Christian Malaka, Livia Victoria Patrono, Thais Berenger Tombolomako, Ella Farra, Sandra Garba-Ouangole, Ornella Sibiro-Demi, Jenny Loerke, Festus Mbrenga, Frederic Stephane Singa Niatou, Andrew Rambaut, Philippe Lemey, Sebastien Calvignac-Spencer, Emmanuel Nakoune, Pierre Somse, Fabian Leendertz & Yap Boum II

Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Insttut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic; World Wide Fund for Nature, Bayanga, Central African Republic; Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, Scotland; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, Laboratory for Clinical and Epidemiological Virology, KU Leuven, Leuven, Belgium; Ministère de la Santé et de la Population, Bangui, Central African Republic; Institut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic

Sample details

Collection date
2023-08-27
Sampling location
Central African Republic (Mbaiki, Lobaye)
Culture ID
no

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing instrument
Illumina MiniSeq
Depth of coverage
12

Submission details

Submission ID
hMpxV/CAR/23-096/Lobaye/Mbaiki/NA/27-08-2023
Submitting group
Date submitted
2025-02-21 10:05:23 UTC
Date released
2025-02-21 10:16:09 UTC
Earliest release date
2025-02-21

Alignment and QC

Length
190405 (74.7%)
# of SNPs
612
# of inserted bases
2748
# of deleted bases
3063
# of unknown bases
43337
# of frame shifts
5
Frame shifts
OPG164:213-227(nt:143412-143458),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:43-101(nt:169795-169972),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • C6904T
  • T7648C
  • C7756A
  • T7950G
  • A8066G
  • C8603A
  • T8694G
  • A8810G
  • A8830G
  • A8893C
  • T8923C
  • G9139A
  • T9161G
  • A9376G
  • C9404T
  • T9509A
  • C10242T
  • A10267C
Deletions
7021-7026, 7148-7151, 7415, 8055, 8384, 8385, 8454-8457, 8471, 8499, 8919, 9054, 9282, 9529, 15549, 15550, 15747, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 28551, 28590-28608, 32210-32212, 33180, 33414, 41937, 46506-46508, 46596, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132965, 133177-133201, 133493-133945, 139450-139452, 140172-140180, 142777, 143459, 144341,...
Insertions
ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8608:ATANNNNNNNNNNN, ins_9267:N, ins_9568:TT, ins_10442:NNNNATNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_10457:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13352:NNNNNNNNNNNTA, ins_16419:NNNN, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTTAAAGTNNNNNNNNNNGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGA...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG005

  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

OPG019

  • OPG019:M124R

OPG021

  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

OPG022

  • OPG022:G73D

OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG030

  • OPG030:N12D

OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

OPG034

  • OPG034:L205R

OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

OPG037

  • OPG037:C144Y

OPG038

  • OPG038:H27P

OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG044

  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

OPG045

  • OPG045:A185T

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:T602N
  • OPG056:C622Y

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

OPG070

  • OPG070:H205Y

OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T

OPG074

  • OPG074:N199D

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P

OPG084

  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG089:E337K

OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

OPG092

  • OPG092:I244N

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG102

  • OPG102:I249V

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

OPG111

  • OPG111:I77V

OPG112

  • OPG112:H34R

OPG113

  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

OPG119

  • OPG119:T88R

OPG120

  • OPG120:H213R

OPG123

  • OPG123:I172T

OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

OPG133

  • OPG133:F594S

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG135

  • OPG135:V90E

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:F283Y

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:I261M

OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:V88A

OPG164

  • OPG164:I111V

OPG165

  • OPG165:D106N

OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG176

  • OPG176:D24N

OPG178

  • OPG178:I139V

OPG181

  • OPG181:L85M

OPG185

  • OPG185:I205T

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

OPG191

  • OPG191:P50Q

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG195

  • OPG195:C120S

OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:Q133R

OPG199

  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:D52G

OPG205

  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A

OPG208

  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:D379G
  • OPG210:S781P
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:N1600S
  • OPG210:D1717G
Deletions

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG031

OPG031:258

OPG049

OPG049:314

OPG157

OPG157:65

OPG159

OPG159:136-138

OPG164

OPG164:228

OPG180

OPG180:555

OPG191

OPG191:166

OPG197

OPG197:34-42

OPG210

OPG210:738
Insertions

OPG047

ins_OPG047:483:XXXXX

OPG110

ins_OPG110:94:XXX

OPG153

ins_OPG153:369:DDXX, ins_OPG153:385:DVDDDDDD

OPG164

ins_OPG164:228:XXXXX

OPG205

ins_OPG205:734:XSQSXX

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue