PP_00140YU.1

Central_African_Republic/PP_00140YU.1/2022-10-12
Christian Malaka, Livia Victoria Patrono, Thais Berenger Tombolomako, Ella Farra, Sandra Garba-Ouangole, Ornella Sibiro-Demi, Jenny Loerke, Festus Mbrenga, Frederic Stephane Singa Niatou, Andrew Rambaut, Philippe Lemey, Sebastien Calvignac-Spencer, Emmanuel Nakoune, Pierre Somse, Fabian Leendertz & Yap Boum II

Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Insttut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic; World Wide Fund for Nature, Bayanga, Central African Republic; Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, Scotland; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, Laboratory for Clinical and Epidemiological Virology, KU Leuven, Leuven, Belgium; Ministère de la Santé et de la Population, Bangui, Central African Republic; Institut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic

Sample details

Collection date
2022-10-12
Sampling location
Central African Republic (Bayanga, Sangha-Mbaere)
Culture ID
no

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing instrument
Illumina iSeq 100
Depth of coverage
487

Submission details

Submission ID
hMpxV/CAR/22-154/Sangha-Mbaere/Bayanga/Bayanga/12-10-2022
Submitting group
Date submitted
2025-02-21 10:05:23 UTC
Date released
2025-02-21 10:16:09 UTC
Earliest release date
2025-02-21

Alignment and QC

Length
190420 (96.6%)
# of SNPs
804
# of inserted bases
2724
# of deleted bases
3091
# of unknown bases
306
# of frame shifts
8
Frame shifts
OPG036:19-178(nt:20531-21012),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions
  • T6776G
  • C6904T
  • T7005C
  • G7205A
  • T7411C
  • T7648C
  • T7810C
  • T7950G
  • A8066G
  • G8277A
  • C8286T
  • C8603A
  • T8694G
  • A8810G
  • A8830G
  • A8893C
  • T8923C
  • G9139A
Deletions
6432, 6433, 6937, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945,...
Insertions
ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8608:ATATATATATATATATAT, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTT...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

OPG019

  • OPG019:M124R

OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

OPG022

  • OPG022:G73D

OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

OPG034

  • OPG034:L205R

OPG036

  • OPG036:S11P

OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:N271D
  • OPG037:C415R

OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

OPG039

  • OPG039:C279Y

OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG043

  • OPG043:T3A

OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

OPG045

  • OPG045:A185T

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:I232K

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

OPG070

  • OPG070:H205Y

OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

OPG076

  • OPG076:S20N

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG089

  • OPG089:D303E

OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

OPG092

  • OPG092:I244N
  • OPG092:A321T

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG096

  • OPG096:I68M

OPG100

  • OPG100:K152Q

OPG101

  • OPG101:T153A

OPG102

  • OPG102:V109M
  • OPG102:I249V

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V
  • OPG105:A1159V

OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

OPG111

  • OPG111:I77V

OPG112

  • OPG112:H34R

OPG113

  • OPG113:R28M
  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:A19T

OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

OPG133

  • OPG133:F594S
  • OPG133:R706I

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG135

  • OPG135:V90E

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:A326T

OPG137

  • OPG137:Q83H

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

OPG157

  • OPG157:M24V

OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

OPG173

  • OPG173:A46T

OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

OPG178

  • OPG178:I139V

OPG180

  • OPG180:S115C

OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T

OPG187

  • OPG187:A265T
  • OPG187:K300*

OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG193

  • OPG193:I108R

OPG195

  • OPG195:C120S

OPG197

  • OPG197:M1I

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

OPG199

  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

OPG204

  • OPG204:N178K

OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A
  • OPG205:R733Q

OPG208

  • OPG208:A34V
  • OPG208:I142T
  • OPG208:E294Q
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
Deletions

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG031

OPG031:258

OPG049

OPG049:314

OPG157

OPG157:61

OPG159

OPG159:124-126

OPG164

OPG164:228

OPG180

OPG180:555

OPG191

OPG191:166

OPG197

OPG197:18, OPG197:19

OPG210

OPG210:734
Insertions

OPG047

ins_OPG047:477:NGMGWNGMEWX

OPG110

ins_OPG110:79:EEVEEV

OPG153

ins_OPG153:369:DDDD

OPG164

ins_OPG164:212:*

OPG172

ins_OPG172:3:M

OPG205

ins_OPG205:736:QS

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue