PP_0013ZXZ.1

Display Name: Central_African_Republic/PP_0013ZXZ.1/2024-01-27
Malaka, Christian; Patrono, Livia Victoria; Tombolomako, Thais Berenger; Farra, Ella; Garba-Ouangole, Sandra; Sibiro-Demi, Ornella; Loerke, Jenny; Mbrenga, Festus; Singa Niatou, Frederic Stephane; Rambaut, Andrew; Lemey, Philippe; Calvignac-Spencer, Sebastien; Nakoune, Emmanuel; Somse, Pierre; Leendertz, Fabian; Boum II, Yap

Submission details

Submission ID
hMpxV/CAR/24-028/Ouaka/Bambari/Bambari/27-01-2024
Submitting group
Date submitted
2025-02-21 10:05:23 UTC
Date released
2025-02-21 10:16:09 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-02-21 10:05liviavictoriaOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Genomic Surveillance Platform, Insitut Pasteur de Bangui, Bagui, Central African Republic; Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Insttut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic; World Wide Fund for Nature, Bayanga, Central African Republic; Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh, Scotland; Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, Laboratory for Clinical and Epidemiological Virology, KU Leuven, Leuven, Belgium; Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Ministère de la Santé et de la Population, Bangui, Central African Republic; Institut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic; Institut Pasteur de Bangui, Bangui, Central African Republic

INSDC

Bioproject accession
Biosample accession
INSDC accession

Clade & Lineage

Clade
Ia
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment and QC metrics

Completeness
72.22%
Frame shifts
OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG109:237-796(nt:87060-88739),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG185:53-314(nt:159073-159858),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:96-101(nt:169954-169972),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Length
190460
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3043
Total frame shifts
8
Total inserted nucs
2734
Total SNPs
568
Total stop codons
0
Total unknown nucs
48348

Sample details

Culture ID
no
Earliest release date
2025-02-21
Collection subdivision level 1
Ouaka
Collection subdivision level 2
Bambari
Collection country
Central African Republic
Collection date
2024-01-27
Collection date (lower bound)
2024-01-27
Collection date (upper bound)
2024-01-27

Sequencing

Depth of coverage
12
Sequencing instrument
Illumina MiniSeq

Host

Host name scientific
Homo sapiens

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T7005C
  • G7205A
  • G7410A
  • T7411C
  • T7648C
  • C7756A
  • T7810C
  • T7950G
  • C8286T
  • C8603A
  • T8694G
  • A8810G
  • A8830G
  • A8893C
  • T8923C
  • A9376G
  • C9404T
  • T10992C
    • Deletions
    7021-7026, 7148-7151, 7405, 8100, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8499, 8919, 8993, 9282, 13374, 15549, 15550, 15747, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 24316, 24350, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 41940, 46506-46508, 46596, 47576, 47712, 47713, 48166-48168, 50512, 50513, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139429-139431, 142755, 143459, 144344, 145892, 145979-145981, 146086, 150539, 150568, 151027-151031, 151055, 152267-152269, 154354, 154355, 155424, 156248, 156431-158694, 160043, 166656, 166657, 166730, 169928-169953, 170918, 172068, 173286-173317, 173501, 173502, 174531-174542, 178328, 181114-181122, 183594-183596, 187207, 187775, 189744, 190198, 190199, 190402, 192435-192517, 194969-194971, 196608-196617, 196750-196752
    Insertions
    ins_29766:TCCCATCCCATTCCA, ins_174463:N, ins_107676:N, ins_188360:ATATA, ins_18895:CTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGCTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATCGTTAACACAAGTACTAACTTCTGATTTTAACGACGACATATTAGTAACCGTTTTCCATTTTTTTTGTTTTAAGATCNACCCNNNNNNNNNNNNNNACANGTCTATTGTTAATCANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATNNNNNNNNNNNNNNNTATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTCGTGTCACAGCTTTGTAGATTTGGANNNNNNNNNTCCCAACANTGCTATAGCATTGCATATAGCATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGATGATATCTACATCGTTTGGATTTTTATGTATCCACTTTAATAATATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCANNNNNNNNNNNNNNNN, ins_156022:NN, ins_88739:N, ins_136590:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_168226:T, ins_146092:C, ins_195519:T, ins_189180:A, ins_178157:NN, ins_89868:NNNNNNNNN, ins_62044:N, ins_148287:N, ins_160038:A, ins_190059:CA, ins_25610:NNN, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTNNNNNNAACTTAANNNNNNNNNNNNNTTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_9585:N, ins_143416:NNNNNNNNNNNNNNN, ins_21081:A, ins_47747:NNNNN, ins_163243:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_51416:T, ins_166090:NNNNNNNAANNNTT, ins_18886:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATTGGACCATTCTCCTCCTGAACACATGACACCAGAGTTACCAATCAACGAATATCCACTATTGCAACTATAAGTTACAATGCTCCCATCGATATAAAAATCCTCGTATCCGTTATGTCTTCCGTTGGATATAGATGGAGGTGATTGGCATTTAACAGATTCGCAAATAGGTGCCTCAGGATTCCATACCATAGATCCAGTAGATCCTAATTCACAATACGATTTAGATTCACCGATCAAATGATATCCGCTATTACAAGAGTACGTTATACTAGAGCCAAAGTCTACTCCGCCAATATCAANNNNNNNNTTNTCGATATCTCGAGGCGATGGGCATCTCCGTTTAATACATTGATTAAAGAGTGTCCATCCGGTACCGGTACATTTAGCATATATGGGTCCCATTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCTATGTTGTAATTAGCATCAGTCTCTACACTATTCTTAAATTTCATATTAATGGGGCGTGACGGAATAGTACAGTATGANANNNNNNNNNNNNNNCCCAACAATGTCAGGAACGTCACGCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTGTAGAAATTGTTTTTCACAGTTGCTCAAAAACAATGGCAGTGACTTATGAGTTAGTTACACTTTGGAGTCTCATCTTTAGTAAACATATCATAATATTCGATATTACGAGTTGACATATCGAACAAATTCCAAGTATTTGATTTTGGATAATATTCNTATTTTGCATNNNNNNNNNNNNAGATATAATCACCACAAGAACACACGAACGTCTTTCCTACATGGTTAAAGTACATGTACAANNNNATCCATTTGTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNACNNNTAGGCATGGGAGACTTTTTTATCCAACGATTTTTAGTGAAACATTCCACATCGTTTAATACTACATATTTCTCATAGTGGTATAAACTCCACCCATTACATATATATCATCGTTTACGAATACTNNTGCGCCNNNNTATNNNNNNNNNATTAAG, ins_188578:G, ins_23165:NNNNNNNNG, ins_150631:TATGATA, ins_6533:N, ins_16407:GTGT, ins_9264:A, ins_155827:N, ins_13289:NNNNNNNNNNNNTC, ins_10476:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_170935:GATATCT, ins_7435:GTA, ins_188635:T, ins_146986:NNNN, ins_187083:A, ins_150609:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_187944:N, ins_173154:T, ins_23176:NNNNNNNNNNNNTAA, ins_192611:A, ins_181317:TA, ins_132460:NNNNNNNNN, ins_147425:NNNNNN, ins_196580:CTCTCTT, ins_160022:CGA, ins_6983:T, ins_47779:ATT, ins_159072:N, ins_190959:AA, ins_146045:ATTACAATACATTTTTATCATAACA, ins_177848:NNNNNNNNNNNATCTCAA, ins_169660:NNNNNNNN, ins_8608:ATAATAT, ins_155502:GATATGAT, ins_22482:TTCTAT, ins_196454:TGT, ins_19359:NN, ins_179264:NN, ins_178048:T, ins_168181:A

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

    • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V

    • OPG019

  • OPG019:M124R

    • OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:M271K

    • OPG036

  • OPG036:S11P

    • OPG037

  • OPG037:C144Y

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:P254A

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K
  • OPG047:D478N

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG065

  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG068

  • OPG068:P251S

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:E337K

    • OPG091

  • OPG091:V62I

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M

    • OPG100

  • OPG100:K152Q

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:V462A

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:H213R

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:I261M

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG165

  • OPG165:D106N

    • OPG170

  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG181

  • OPG181:L85M

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I

    • OPG198

  • OPG198:N71D

    • OPG199

  • OPG199:T218S
  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

    • OPG204

  • OPG204:N178K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:V621A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
    • Deletions
    OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG049:314, OPG157:61, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:87-95, OPG210:748
    Insertions
    ins_OPG164:217:XDHEH, ins_OPG153:354:TGHHXXXXXXXX, ins_OPG047:480:GWNGM, ins_OPG110:79:XXX, ins_OPG205:731:XXXXSQ

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue