PP_0013T3U.1

Display Name: Slovakia/PP_0013T3U.1/2024-11-12
T. Sladecek

Sample details

Collection date
2024-11-12
Country
Slovakia
Isolate name
RNA

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-02-15 05:21insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.1.1

Authors

Author affiliations
Science Park of Comenius University of Bratislava, Ilkovicova 8, 841 04 Bratislava

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-02-14
NCBI update date
2025-02-15
Raw reads accession

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
185275
Completeness
94.00%
# of SNPs
89
# of inserted bases
9
# of deleted bases
109
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
0
# of frame shifts
0
# of stop codons
0

Submission details

Submission ID
OZ223836.1
Submitting group
Date submitted
2025-02-15 05:21:41 UTC
Date released
2025-02-15 05:21:57 UTC
Earliest release date
2025-02-14

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C7771T
  • G12285A
  • G13563A
  • C13968T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • G23110A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
  • G38360A
    • Deletions
    133177-133186, 179145-179243
    Insertions
    ins_133102:TTTTT, ins_173317:ATAT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG023

  • OPG023:R206C

    • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:D434N
  • OPG025:P569S

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG038

  • OPG038:S17L

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG181

  • OPG181:D218N

    • OPG185

  • OPG185:T258I

    • OPG188

  • OPG188:E229K

    • OPG189

  • OPG189:R179K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue