PP_0013T3U.1

Display Name: Slovakia/PP_0013T3U.1/2024-11-12
Sladecek, T.

Submission details

Submission ID
OZ223836.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2025-02-15 05:21:41 UTC
Date released
2025-02-15 05:21:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-02-15 05:21insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Science Park of Comenius University of Bratislava, Ilkovicova 8, 841 04 Bratislava

INSDC

Bioproject accession
PRJEB72255
Biosample accession
SAMEA117693147
INSDC accession
OZ223836.1
Raw reads accession
ERR14370734
NCBI release date
2025-02-14
NCBI update date
2025-02-15

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
E.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
94.00%
Length
192379
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
109
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
11
Total SNPs
89
Total stop codons
0
Total unknown nucs
7102

Sample details

Earliest release date
2025-02-14
Collection country
Slovakia
Collection date
2024-11-12
Collection date (lower bound)
2024-11-12
Collection date (upper bound)
2024-11-12
Isolate name
RNA

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C7771T
  • G12285A
  • G13563A
  • C13968T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • G23110A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • G37202A
  • G38360A
    • Deletions
    133177-133186, 179145-179243
    Insertions
    ins_173317:ATAT, ins_0:NN, ins_133102:TTTTT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG023

  • OPG023:R206C

    • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:D434N
  • OPG025:P569S

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG038

  • OPG038:S17L

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG181

  • OPG181:D218N

    • OPG185

  • OPG185:T258I

    • OPG188

  • OPG188:E229K

    • OPG189

  • OPG189:R179K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue