PP_0013N8P.1

Display Name: Portugal/PP_0013N8P.1/2025-01-09
Sobral, Daniel; Cordeiro, Rita; Coelho, Luis; Ferreira, Rita; Borges, Vitor; Gomes, Joao Paulo

Submission details

Submission ID
Monkeypox/PT0836/2025
Submitting group
Genomics and Bioinformatics Unit @ INSA, Portugal
Date submitted
2025-02-07 18:06:22 UTC
Date released
2025-02-07 18:08:18 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-02-07 18:06daniel.sobralOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Instituto Nacional de Saude Doutor Ricardo Jorge (INSA), Portugal

INSDC

Bioproject accession
PRJEB85694
Biosample accession
SAMEA117683825
INSDC accession
OZ222690.1
Raw reads accession
ERR14334743

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
E.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
98.32%
Length
197223
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
84
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
98
Total SNPs
103
Total stop codons
0
Total unknown nucs
3313

Sample details

Earliest release date
2025-02-07
Collection country
Portugal
Collection date
2025-01-09
Collection date (lower bound)
2025-01-09
Collection date (upper bound)
2025-01-09

Host

Host name common
Human
Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Sequencing

Sequencing date
2025-02-06
Sequencing instrument
Illumina NextSeq 2000
Sequencing protocol
dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5qpvob1nbl4o/v4

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G9229A
  • G12285A
  • G13563A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G19914A
  • C21062T
  • G21723A
  • G23110A
  • C23564T
    • Deletions
    133177-133186, 179172-179243, 196686, 196687
    Insertions
    ins_173312:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_0:NNNNNNNNN, ins_197209:NNNNNNNNNNN, ins_133102:TT

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG023

  • OPG023:R206C

    • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:P569S

    • OPG034

  • OPG034:S31F

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG038

  • OPG038:S17L

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG059

  • OPG059:E30K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:D67N

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG181

  • OPG181:D218N

    • OPG185

  • OPG185:T258I

    • OPG188

  • OPG188:E229K

    • OPG189

  • OPG189:R179K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue