PP_0013HRT.1

Restricted sequence

This sequence is only available under the Restricted Use Terms. If you make use of this data, you must follow the terms of use.
Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PP_0013HRT.1/2024-11-04
Wawina-Bokalanga, Tony; Merritt, Sydney; Kinganda-Lusamaki, Eddy; Jansen, Daan; Halbrook, Megan; OToole, Aine; Pukuta-Simbu, Elisabeth; Muyamuna, Elise; Hasivirwe Vakaniaki, Emmanuel; Ola-Mpumbe, Rilia; Kwete-Mbokama, Papy; Akil-Bandali, Prince; Kacita, Cris; Ponga-Museme, Ange; Mapenzi-Kashali, Nelson; Amuri-Aziza, Adrienne; Muyembe-Mawete, Francisca; Lumembe-Numbi, Raphael; Kabamba-Lungenyi, Gabriel; Tshiani-Mbaya, Olivier; Paku-Tshambu, Princesse; Dantas, Pedro Hlf; DeBlock, Tessa; Lokilo-Lofiko, ..., Placide

Submission details

Submission ID
24MPX5079V
Submitting group
Pathogen Genomic Lab
Date submitted
2025-02-04 00:59:45 UTC
Date released
2025-02-04 01:04:44 UTC

Data use terms

Data use terms
RESTRICTED

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-02-04 00:59eddylusamakiRESTRICTED until 2025-05-16
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/restricted-data

Clade & Lineage

Clade
Ib
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment and QC metrics

Completeness
71.10%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG047:477-483(nt:29746-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667)
Length
195160
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3087
Total frame shifts
6
Total inserted nucs
1483
Total SNPs
582
Total stop codons
0
Total unknown nucs
56551

Sample details

Earliest release date
2025-02-04
Collection subdivision level 1
Kinshasa
Collection country
Democratic Republic of the Congo
Collection date
2024-11-04
Collection date (lower bound)
2024-11-04
Collection date (upper bound)
2024-11-04
Isolate name
24MPX5079V

Host

Host name common
Human
Host name scientific
Homo sapiens

Sequencing

Sequenced by
Institut National de Recherche Biomedicale

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • T3099G
  • C3143T
  • G3145A
  • A3420G
  • A3450G
  • G4042A
  • G4691A
  • T4836G
  • C5412T
    • Deletions
    2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15865-15867, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 29218-29223, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 46506-46508, 46589, 46648, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 140134-140142, 142755, 143168-143215, 143459, 146870, 146871, 146884-146888, 146969, 150539, 150582-150586, 150619-150621, 150634, 150635, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 154354, 154355, 155424, 158916-161175, 163332-163339, 166656, 166657, 166712, 169530, 173286-173317, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 181114-181122, 181190-181209, 183555-183557, 187207, 187775, 189744
    Insertions
    ins_16560:AT, ins_168228:N, ins_146111:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_8858:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_179264:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_148280:G, ins_168181:A, ins_25551:TGT, ins_23184:TACGATGCAATGAGTAAGACAATAG, ins_132445:TATCAAGAT, ins_187944:A, ins_19350:T, ins_188360:ATATA, ins_174466:T, ins_9509:CTTTGTATTTAGTA, ins_51416:T, ins_150568:G, ins_9568:TT, ins_89630:NNNNNNNNN, ins_143413:TAA, ins_62033:N, ins_6256:TTT, ins_170928:NNNNNNN, ins_16543:ATTA, ins_188578:G, ins_155809:T, ins_172054:TAGTT, ins_6644:A, ins_169774:ACAGAT, ins_6527:T, ins_190059:CA, ins_136632:NNNNNNNNN, ins_13032:NNNNN, ins_155502:GAT, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTCGTTCAAACTTAATCTTATTAGAATATTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_188635:T, ins_9264:A, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_6983:T, ins_147435:ATGATGATGATGATGATGATG, ins_29766:TTCCA, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_189197:N, ins_152182:GC, ins_146933:A, ins_181317:TA, ins_1697:A, ins_148344:NNA, ins_169600:ATGA, ins_175631:TTA, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_173154:T, ins_18902:GGCTGTCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTCGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATATGCGCCTGAATATCTAGGAGTGATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGCTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATCGTTAACACAAGTACTAACTTCTGATTTTAACGACGACATATTAGTAACCGTTTCCNNTTTTTTTGTTTTAAGATCTACCCGCGATACGGAATAAACATGTCTATTGTTAATCATGCCGCCAATAATGTATAGACAATTATGTAAAACATTTGCATCATAGAATTGTCTATCTTCTGTATTACCGACTATCGTCCAATATTCTGTTCTAGGAGAGTAATGGGTTATTGTGGATATATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTCGTGTCACAGCTTTGTAGATTTGGATATAGTTAATCCCAACAATGCTATAGCATTGCATATAGCATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGATGATATCTACATCGTTTGGATTTTTATGTATCCACTTTAATAATATTATAGCGTAACATCCTCATGATTTACGTTAACGTTTTCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCATCCTTTGATAATTTTCCAAATTC, ins_173690:T, ins_7435:GTA, ins_187083:A, ins_22482:TTCTATTTCTAT, ins_16407:GTGT, ins_4598:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:A249T

    • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:P184H
  • OPG034:L205R

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG042

  • OPG042:T159I

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG053

  • OPG053:M56I

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:T111I

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:S124L

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V

    • OPG126

  • OPG126:A26S

    • OPG130

  • OPG130:L270I

    • OPG136

  • OPG136:M740I

    • OPG140

  • OPG140:P39H

    • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D

    • OPG151

  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:D106N

    • OPG170

  • OPG170:G31D

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG173

  • OPG173:N21S

    • OPG174

  • OPG174:R315C
  • OPG174:D332N

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I
  • OPG197:S18T

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V

    • OPG199

  • OPG199:K230E

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S

    • OPG208

  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:E1057D
  • OPG210:A1305T
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG045:16, OPG045:17, OPG049:314, OPG159:124-126, OPG164:131-146, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG197:35:TD, ins_OPG164:212:*, ins_OPG153:493:XHP, ins_OPG172:3:MMMMMMM, ins_OPG047:483:X

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue