PP_0013F9U.1

Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PP_0013F9U.1/2024-10-27
Wawina-Bokalanga, Tony; Merritt, Sydney; Kinganda-Lusamaki, Eddy; Jansen, Daan; Halbrook, Megan; OToole, Aine; Pukuta-Simbu, Elisabeth; Muyamuna, Elise; Hasivirwe Vakaniaki, Emmanuel; Ola-Mpumbe, Rilia; Kwete-Mbokama, Papy; Akil-Bandali, Prince; Kacita, Cris; Ponga-Museme, Ange; Mapenzi-Kashali, Nelson; Amuri-Aziza, Adrienne; Muyembe-Mawete, Francisca; Lumembe-Numbi, Raphael; Kabamba-Lungenyi, Gabriel; Tshiani-Mbaya, Olivier; Paku-Tshambu, Princesse; Dantas, Pedro Hlf; DeBlock, Tessa; Lokilo-Lofiko, ..., Placide

Submission details

Submission ID
24MPX4702V
Submitting group
Pathogen Genomic Lab
Date submitted
2025-02-04 00:59:45 UTC
Date released
2025-02-04 01:04:44 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-04-27 19:55eddylusamakiOPEN
2025-02-04 00:59eddylusamakiRESTRICTED until 2025-05-16
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

INSDC

Bioproject accession
PRJEB89000
Biosample accession
SAMEA118210596
INSDC accession
OZ254840.1

Clade & Lineage

Clade
Ia
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment and QC metrics

Completeness
58.88%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG050:71-76(nt:33181-33198)
Length
196438
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
2968
Total frame shifts
2
Total inserted nucs
2659
Total SNPs
487
Total stop codons
0
Total unknown nucs
80627

Sample details

Earliest release date
2025-02-04
Collection subdivision level 1
Kinshasa
Collection country
Democratic Republic of the Congo
Collection date
2024-10-27
Collection date (lower bound)
2024-10-27
Collection date (upper bound)
2024-10-27
Isolate name
24MPX4702V

Host

Host name common
Human
Host name scientific
Homo sapiens

Sequencing

Sequenced by
Institut National de Recherche Biomedicale

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G907A
  • G994A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • G1319T
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
  • C3143T
  • G3308T
  • A3420G
    • Deletions
    2239-2241, 4693-4775, 6848, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 23171, 24310, 24338, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46648-46651, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 51417-51433, 132813, 133088-133102, 133196-133205, 133493-133945, 139640-139642, 142755, 151281-151283, 151430, 152301-152303, 157842-160095, 163207-163214, 172063, 173286-173317, 173501, 173502, 173745, 174531-174541, 178328, 181114-181122, 183555-183557, 187207, 187775
    Insertions
    ins_13373:NNNNNNNNNNNNN, ins_136554:ATC, ins_166729:NNNN, ins_187083:A, ins_9585:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_136569:ATCATC, ins_148280:G, ins_168181:A, ins_25551:TGT, ins_179264:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_23184:TACGATGCAATGAGTAAGACAATAG, ins_21081:A, ins_6256:TT, ins_19359:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_188578:G, ins_169600:ATGA, ins_62033:N, ins_91729:NNNNNNNNN, ins_1374:GGATACCTCATCATCTTC, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_188635:T, ins_187944:A, ins_132451:NNNNNNNNN, ins_170986:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_143413:TAA, ins_188359:NNNNN, ins_146111:NNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_168226:T, ins_6983:T, ins_147425:NNNNNNNNNNNNNN, ins_47935:TGAGTAAAATCAAACACAAAATCTTCGTTCAAACTTAATCTTATTAGAATATTAGTGGAAGAAAGATTCTATAATAATGAATGCAGAGATTATAAATGGAGAATAATTGGAACACAAGTTGATAAAATATTGATAGCTAAATATACAATAGATGCAATGTATCGCATAAGACCGATATATATAATACAAAGCAGTACAGATACAATGATGATGTAGAAAATGGATTCATTGGATTGGATAAACTAAAATTAAA, ins_178158:TT, ins_107676:N, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_173154:T, ins_7435:GTA, ins_173690:T, ins_178107:NNNNNNNNNNNN, ins_22482:TTCTAT, ins_12965:NNNNN, ins_47779:ATT, ins_181317:TA, ins_189180:A, ins_29744:NNNNNNNNNN, ins_4598:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:T86N

    • OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D

    • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:L136F

    • OPG021

  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:S258L
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:E235K
  • OPG049:T263M

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:T602N
  • OPG056:C622Y

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E
  • OPG089:E337K

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M

    • OPG100

  • OPG100:K152Q

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:V4A
  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG118

  • OPG118:K256R

    • OPG120

  • OPG120:A19T

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T

    • OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:I371D
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I

    • OPG199

  • OPG199:K230E
  • OPG199:V304M

    • OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S

    • OPG208

  • OPG208:I142T

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
    • Deletions
    OPG002:172, OPG049:314, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG164:212:*, ins_OPG153:369:DDI, ins_OPG001:74:DDEVSE

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue