PP_00119P9.1

Display Name: USA/PP_00119P9.1/2024-12-01
Doucette, M.; Fortes, E.; Bhattacharyya, S.; Epie, N.

Submission details

Submission ID
PV034356.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2025-01-30 14:00:59 UTC
Date released
2025-01-30 14:01:21 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2025-01-30 14:00insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Massachusetts State Public Health Laboratory, Department of Public Health

INSDC

Bioproject accession
PRJNA849619
Biosample accession
SAMN46438937
INSDC accession
PV034356.1
NCBI release date
2025-01-30
NCBI update date
2025-01-30

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
E.3
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
97.69%
Length
195589
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
118
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
49
Total SNPs
101
Total stop codons
0
Total unknown nucs
3001

Sample details

Earliest release date
2025-01-30
Collection subdivision level 1
MA
Collection country
USA
Collection date
2024-12
Collection date (lower bound)
2024-12-01
Collection date (upper bound)
2024-12-31
Isolate name
MPXV_USA_2025_MA0231

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C16062T
  • A18769G
  • C19912T
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
    • Deletions
    133177-133186, 136552-136554, 174531-174536, 179145-179243
    Insertions
    ins_133122:NNN, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:D36N
  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG027

  • OPG027:E106K

    • OPG034

  • OPG034:D32N

    • OPG036

  • OPG036:M1I

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:L56F
  • OPG074:R665C

    • OPG084

  • OPG084:E375K

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:S80L
  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:S478L
  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:P615S

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG133

  • OPG133:M580I

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG164

  • OPG164:S7L

    • OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

    • OPG180

  • OPG180:D59N

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG198

  • OPG198:S179L

    • OPG204

  • OPG204:M59I

    • OPG205

  • OPG205:S71F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG153:385
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue