PP_00119P9.1

USA/PP_00119P9.1/2024-12
M. Doucette, E. Fortes, S. Bhattacharyya & N. Epie

Massachusetts State Public Health Laboratory, Department of Public Health

Sample details

Collection date
2024-12
Sampling location
USA (MA)
Isolate name
MPXV_USA_2025_MA0231

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-01-30 14:00insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.3.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-01-30
NCBI update date
2025-01-30

Host

Host

Submission details

Submission ID
PV034356.1
Submitting group
Date submitted
2025-01-30 14:00:59 UTC
Date released
2025-01-30 14:01:21 UTC
Earliest release date
2025-01-30

Alignment and QC

Length
195589 (97.7%)
# of SNPs
101
# of inserted bases
49
# of deleted bases
118
# of unknown bases
3001

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C16062T
  • A18769G
  • C19912T
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
Deletions

133177-133186, 136552-136554, 174531-174536, 179145-179243
Insertions

ins_133122:NNN, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:D36N
  • OPG016:R84K

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG027

  • OPG027:E106K

OPG034

  • OPG034:D32N

OPG036

  • OPG036:M1I

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:L56F
  • OPG074:R665C

OPG084

  • OPG084:E375K

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:S80L
  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:S478L
  • OPG118:K606E

OPG123

  • OPG123:P615S

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG133

  • OPG133:M580I

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG164

  • OPG164:S7L

OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG198

  • OPG198:S179L

OPG204

  • OPG204:M59I

OPG205

  • OPG205:S71F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG153

OPG153:385
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue