PP_0010TY9.1

USA/PP_0010TY9.1/2024-10-29
C. Kath, M. Haw, A. Espinosa & J. Hacker

CDPH, VRDL

Sample details

Collection date
2024-10-29
Sampling location
USA
Isolate name
hMpxV/USA/CA-CDPH-1M1000705/2024

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-25 03:37insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.6

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
NCBI release date
2024-12-24
NCBI update date
2024-12-24

Host

Host

Submission details

Submission ID
PQ781671.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-25 03:37:28 UTC
Date released
2024-12-25 03:37:57 UTC
Earliest release date
2024-12-24

Alignment and QC

Length
195613 (96.1%)
# of SNPs
94
# of inserted bases
59
# of deleted bases
115
# of unknown bases
6079

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C6948T
  • C7771T
  • C8663T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C18901T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G29962A
  • G30367A
Deletions

133177-133186, 163900-163905, 179145-179243
Insertions

ins_68638:NNA, ins_133117:NNN, ins_150584:N, ins_169774:ACAGAT, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG065

  • OPG065:R28C

OPG068

  • OPG068:T12I

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG077

  • OPG077:S308L

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG111

  • OPG111:S22L

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG119

  • OPG119:S2L
  • OPG119:S161L

OPG120

  • OPG120:M294I

OPG122

  • OPG122:E246K

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG170

  • OPG170:S30F

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG185

  • OPG185:S231F

OPG188

  • OPG188:E12K

OPG189

  • OPG189:M409I

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG205

  • OPG205:E727K

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions

OPG189

OPG189:190, OPG189:191
Insertions

OPG086

ins_OPG086:76:X

OPG197

ins_OPG197:35:TD

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue