PP_0010TTK.1

Display Name: USA/PP_0010TTK.1/2024-10-18
Kath, C.; Haw, M.; Espinosa, A.; Hacker, J.

Submission details

Submission ID
PQ781666.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-25 03:37:28 UTC
Date released
2024-12-25 03:37:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-25 03:37insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
CDPH, VRDL

INSDC

Bioproject accession
PRJNA884422
INSDC accession
PQ781666.1
NCBI release date
2024-12-24
NCBI update date
2024-12-24

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.6
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
98.62%
Length
196057
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
118
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
56
Total SNPs
87
Total stop codons
0
Total unknown nucs
1625

Sample details

Collection country
USA
Collection date
2024-10-18
Collection date (lower bound)
2024-10-18
Collection date (upper bound)
2024-10-18
Isolate name
hMpxV/USA/CA-CDPH-1M1000699/2024

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • C8663T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C18901T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
    • Deletions
    657-659, 133177-133186, 163900-163905, 179145-179243
    Insertions
    ins_133102:TTT, ins_173323:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_150584:N, ins_169774:ACAGAT

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG065

  • OPG065:R28C

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:L112F

    • OPG086

  • OPG086:D97N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG107

  • OPG107:S7L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG123

  • OPG123:R471C

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG170

  • OPG170:S30F

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG185

  • OPG185:S231F

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG189:190, OPG189:191
    Insertions
    ins_OPG197:35:TD