PP_0010T7S.1

Display Name: USA/PP_0010T7S.1/2024-09-19
Kath, C.; Haw, M.; Espinosa, A.; Hacker, J.

Submission details

Submission ID
PQ781646.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-25 03:37:28 UTC
Date released
2024-12-25 03:37:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-25 03:37insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
CDPH, VRDL

INSDC

Bioproject accession
PRJNA884422
INSDC accession
PQ781646.1
NCBI release date
2024-12-24
NCBI update date
2024-12-24

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
94.88%
Length
196315
Total ambiguous nucs
1
Total deleted nucs
117
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
49
Total SNPs
81
Total stop codons
0
Total unknown nucs
9261

Sample details

Collection country
USA
Collection date
2024-09-19
Collection date (lower bound)
2024-09-19
Collection date (upper bound)
2024-09-19
Isolate name
hMpxV/USA/CA-CDPH-1M1000678/2024

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G13264A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G34459A
    • Deletions
    742-746, 133177-133186, 179145-179243, 196780-196782
    Insertions
    ins_133122:NNN, ins_174076:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG068

  • OPG068:D370N

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG188

  • OPG188:E12K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG204

  • OPG204:E324K

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None