Pathoplexus
Organisms
Mpox Virus
SeqSets
News
About
Docs
Login
Pathoplexus
Organisms
Andes Virus [Hantavirus]
Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus
Dengue Virus
Ebola Bundibugyo
Ebola Sudan
Ebola Zaire
HMPV
Marburg Virus
Measles Virus
Mpox Virus
RSV-A
RSV-B
West Nile Virus
Yellow Fever Virus
Zika Virus
SeqSets
News
About
Docs
Login
API docs
Governance
Legal notice
Funding
Contact
Status
Mpox Virus
|
Browse data
Submit sequences
Resources
Select organism section
Browse data
Submit sequences
Resources
PP_0010NBP.1
Download
Download FASTA
Download metadata TSV
United_Kingdom/MPXV_UK_2024_0013/2024-11-28
I. Everall,
N. Groves,
A. Nettlemill,
A. Wandre,
H. Hartman,
E. Wise,
S. Pullan,
R. Myers &
M. Chand
UKHSA, Research and Evaluation
Sample details
Collection date
2024-11-28
Sampling location
United Kingdom
Isolate name
MPXV_UK_2024_0013
Data use terms
Data use terms
OPEN
(history)
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data
Clade & Lineage
Clade
Ib
Outbreak
sh2023
Lineage
A.4
INSDC
INSDC accession
PQ762586.1
NCBI release date
2024-12-13
NCBI update date
2024-12-13
Host
Host
human (Homo sapiens)
Submission details
Submission ID
PQ762586.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-13 21:27:22 UTC
Date released
2024-12-13 21:27:55 UTC
Earliest release date
2024-12-13
Cited in
First detection and autochthonous transmission of monkeypox virus clade Ib in the Netherlands, October to November, 2025 (2026)
Jelte Elsinga, Celine van de Ven, Anne de Vries, Hester Coppoolse, Mariska Petrignani, Brigitte van Cleef, Riemer van Markus, Nora Carpay, Catharina E van Ewijk, Sjoerd Rebers, ...
Eurosurveillance
From SeqSet:
PP_SS_760.1
(references PP_0010NBP)
Genomic characterization of the 2024/2025 Mpox outbreak in Uganda (2026)
Stephen Kanyerezi, Alisen Ayitewala, Andrew Nsawotebba, Caroline Makoha, Godwin Tusabe, Jupiter Marina Kabahita, Hellen Rosette Oundo, Julius Seruyange, Wilson Tenywa, Stacy Were, ...
medRxiv
From SeqSet:
PP_SS_496.1
(references PP_0010NBP.1)
Alignment and QC
Length
186229 (93.5%)
# of SNPs
754
# of inserted bases
1566
# of deleted bases
3104
# of unknown bases
3312
# of frame shifts
7
# of stop codons
1
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:363-510(nt:136138-136581),OPG164:153-227(nt:143232-143458),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:44-101(nt:169798-169972)
Stop Codons
OPG175:98
Nucleotide mutations
Mutations called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
G
475
A
T
720
C
G
749
A
A
1093
G
C
1201
T
A
1309
G
A
1504
G
A
1687
G
A
1813
C
T
1814
G
T
2086
G
C
2391
A
T
2554
C
C
2659
T
G
2967
A
T
3099
G
C
3143
T
G
3145
A
Show more
Deletions
600-609, 622, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 27114, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 71178, 132813,...
Show more
Insertions
ins_629:AAGAGAG, ins_755:ACA, ins_1697:A, ins_2762:N, ins_4598:T, ins_6256:TT, ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCNNTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8608:NNNNNNNNNNNNNN, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10476:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13297:NNNNNNNNNNNNNN, ins_16407:GTGT, ins_18902:GGCTGNCATNTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTT...
Show more
Amino acid substitutions
Substitutions called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
OPG002
OPG002:
A
121
S
OPG002:
N
313
T
OPG019
OPG019:
G
112
C
OPG019:
M
124
R
OPG021
OPG021:
V
38
I
OPG021:
S
219
L
OPG021:
K
230
R
OPG022
OPG022:
G
73
D
OPG023
OPG023:
M
109
I
OPG023:
V
174
A
OPG023:
A
193
S
OPG023:
S
258
L
OPG023:
Y
300
H
OPG023:
C
304
R
OPG023:
S
326
L
OPG023:
V
426
T
OPG023:
T
488
A
OPG023:
L
602
I
OPG023:
K
637
E
OPG024
OPG024:
S
32
G
OPG025
OPG025:
E
393
K
OPG025:
I
425
V
OPG027
OPG027:
I
47
V
OPG027:
V
126
I
OPG029
OPG029:
C
146
R
OPG030
OPG030:
N
12
D
OPG030:
S
113
N
OPG031
OPG031:
T
80
M
OPG031:
D
117
E
OPG031:
C
241
Y
OPG031:
M
271
K
OPG034
OPG034:
L
205
R
OPG036
OPG036:
S
11
P
OPG036:
V
17
I
OPG036:
D
25
E
OPG037
OPG037:
C
144
Y
OPG037:
C
415
R
OPG038
OPG038:
H
27
P
OPG038:
V
78
I
OPG039
OPG039:
C
279
Y
OPG040
OPG040:
M
160
I
OPG040:
P
254
A
OPG040:
Y
374
S
OPG042
OPG042:
T
159
I
OPG043
OPG043:
T
3
A
OPG043:
N
68
S
OPG044
OPG044:
V
63
A
OPG044:
T
109
A
OPG044:
M
148
L
OPG045
OPG045:
A
185
T
OPG046
OPG046:
S
95
N
OPG047
OPG047:
I
232
K
OPG049
OPG049:
E
17
V
OPG049:
M
37
V
OPG049:
T
263
M
OPG054
OPG054:
R
438
G
OPG056
OPG056:
V
323
A
OPG056:
C
622
Y
OPG059
OPG059:
I
26
L
OPG063
OPG063:
V
307
A
OPG064
OPG064:
A
88
S
OPG065
OPG065:
A
17
T
OPG065:
N
23
D
OPG065:
H
61
N
OPG066
OPG066:
K
83
R
OPG066:
H
97
N
OPG066:
K
140
N
OPG066:
L
222
I
OPG068
OPG068:
P
251
S
OPG068:
D
341
E
OPG070
OPG070:
Y
12
H
OPG070:
H
205
Y
OPG071
OPG071:
L
411
W
OPG071:
I
428
T
OPG071:
A
484
S
OPG071:
I
501
V
OPG072
OPG072:
V
10
I
OPG074
OPG074:
N
199
D
OPG074:
I
441
V
OPG076
OPG076:
S
20
N
OPG079
OPG079:
C
45
Y
OPG080
OPG080:
D
321
E
OPG080:
C
382
S
OPG080:
L
521
P
OPG080:
P
582
H
OPG084
OPG084:
S
211
T
OPG084:
Q
620
R
OPG085
OPG085:
S
79
T
OPG085:
T
328
A
OPG085:
F
591
V
OPG089
OPG089:
D
303
E
OPG091
OPG091:
V
62
I
OPG091:
S
73
N
OPG092
OPG092:
I
244
N
OPG094
OPG094:
R
175
T
OPG096
OPG096:
I
68
M
OPG096:
L
75
P
OPG100
OPG100:
R
134
H
OPG100:
K
152
Q
OPG101
OPG101:
T
153
A
OPG102
OPG102:
I
249
V
OPG104
OPG104:
T
12
A
OPG105
OPG105:
V
113
G
OPG105:
I
1070
V
OPG108
OPG108:
T
111
I
OPG109
OPG109:
R
364
S
OPG109:
A
622
T
OPG109:
A
630
T
OPG111
OPG111:
I
77
V
OPG112
OPG112:
H
34
R
OPG113
OPG113:
V
537
I
OPG117
OPG117:
D
454
N
OPG118
OPG118:
K
256
R
OPG118:
N
413
S
OPG118:
V
462
A
OPG118:
K
606
E
OPG120
OPG120:
A
19
T
OPG120:
S
124
L
OPG123
OPG123:
I
172
T
OPG123:
A
313
T
OPG123:
C
436
Y
OPG125
OPG125:
E
111
D
OPG125:
T
493
M
OPG125:
I
514
V
OPG130
OPG130:
T
63
V
OPG130:
T
122
A
OPG130:
L
270
I
OPG133
OPG133:
F
594
S
OPG134
OPG134:
E
226
D
OPG135
OPG135:
V
90
E
OPG136
OPG136:
A
229
T
OPG136:
D
267
N
OPG136:
F
283
Y
OPG136:
M
740
I
OPG140
OPG140:
P
39
H
OPG144
OPG144:
T
184
I
OPG145
OPG145:
P
76
Q
OPG145:
I
249
V
OPG145:
I
264
T
OPG145:
A
348
P
OPG145:
Q
463
R
OPG148
OPG148:
I
313
S
OPG150
OPG150:
D
32
N
OPG150:
N
100
D
OPG150:
D
256
E
OPG151
OPG151:
D
6
V
OPG151:
R
273
Q
OPG151:
N
282
D
OPG153
OPG153:
M
14
T
OPG154
OPG154:
R
74
H
OPG154:
H
107
R
OPG156
OPG156:
Y
42
S
OPG156:
T
222
A
OPG157
OPG157:
M
24
V
OPG159
OPG159:
T
2
A
OPG159:
L
36
S
OPG160
OPG160:
P
2
S
OPG161
OPG161:
K
67
E
OPG161:
V
88
A
OPG163
OPG163:
V
46
A
OPG164
OPG164:
I
111
V
OPG165
OPG165:
D
106
N
OPG165:
S
161
L
OPG167
OPG167:
Y
107
S
OPG167:
I
112
V
OPG170
OPG170:
G
31
D
OPG170:
V
96
I
OPG170:
M
111
I
OPG172
OPG172:
A
125
V
OPG172:
M
145
T
OPG172:
Y
160
D
OPG173
OPG173:
N
21
S
OPG174
OPG174:
R
315
C
OPG175
OPG175:
Q
98
*
OPG176
OPG176:
D
24
N
OPG176:
L
227
S
OPG178
OPG178:
I
139
V
OPG181
OPG181:
L
85
M
OPG181:
S
127
Y
OPG185
OPG185:
T
167
A
OPG185:
D
177
E
OPG185:
I
205
T
OPG185:
T
239
I
OPG187
OPG187:
K
300
*
OPG188
OPG188:
S
227
F
OPG188:
V
265
I
OPG188:
S
419
R
OPG189
OPG189:
K
185
R
OPG189:
C
506
H
OPG191
OPG191:
P
50
Q
OPG191:
F
80
C
OPG192
OPG192:
G
100
E
OPG193
OPG193:
I
108
R
OPG195
OPG195:
C
120
S
OPG198
OPG198:
N
71
D
OPG198:
I
100
V
OPG198:
Q
133
R
OPG199
OPG199:
D
208
N
OPG199:
K
230
E
OPG200
OPG200:
E
134
G
OPG204
OPG204:
N
178
K
OPG205
OPG205:
W
169
R
OPG205:
C
349
Y
OPG205:
G
354
S
OPG208
OPG208:
I
142
T
OPG208:
T
300
A
OPG208:
V
311
A
OPG209
OPG209:
I
11
V
OPG209:
L
21
F
OPG210
OPG210:
F
3
L
OPG210:
A
98
D
OPG210:
V
173
I
OPG210:
K
331
N
OPG210:
N
334
I
OPG210:
H
363
R
OPG210:
D
379
G
OPG210:
A
475
V
OPG210:
V
515
A
OPG210:
V
788
A
OPG210:
T
928
A
OPG210:
A
1305
T
OPG210:
L
1704
R
OPG210:
D
1717
G
Deletions
OPG002
OPG002:172
OPG029
OPG029:153, OPG029:154
OPG031
OPG031:258
OPG049
OPG049:314
OPG157
OPG157:61
OPG159
OPG159:143-145
OPG164
OPG164:150-152, OPG164:228
OPG180
OPG180:555
OPG191
OPG191:166
OPG197
OPG197:35-43
OPG210
OPG210:734
Insertions
OPG047
ins_OPG047:483:XXXXX
OPG110
ins_OPG110:77:XXX
OPG153
ins_OPG153:354:TGHHQDSXXX
OPG172
ins_OPG172:4:X
Nucleotide sequence
Aligned nucleotide sequence
Aligned amino acid sequences
Report an issue with this sequence or metadata
Create GitHub issue