PP_0010NBP.1

Display Name: United_Kingdom/PP_0010NBP.1/2024-11-28
Everall, I.; Groves, N.; Nettlemill, A.; Wandre, A.; Hartman, H.; Wise, E.; Pullan, S.; Myers, R.; Chand, M.

Submission details

Submission ID
PQ762586.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-13 21:27:22 UTC
Date released
2024-12-13 21:27:55 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-13 21:27insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
UKHSA, Research and Evaluation

Clade & Lineage

Clade
Ib
Lineage
None
Outbreak
None

Alignment states and QC metrics

Completeness
93.53%
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG153:363-510(nt:136138-136581),OPG164:153-227(nt:143232-143458),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:44-101(nt:169798-169972)
Length
186229
Stop codons
OPG175:98
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
3104
Total frame shifts
7
Total inserted nucs
1566
Total SNPs
754
Total stop codons
1
Total unknown nucs
3312

Sample details

Collection country
United Kingdom
Collection date
2024-11-28
Collection date (lower bound)
2024-11-28
Collection date (upper bound)
2024-11-28
Isolate name
MPXV_UK_2024_0013

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PQ762586.1
NCBI release date
2024-12-13
NCBI update date
2024-12-13

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G475A
  • T720C
  • G749A
  • A1093G
  • C1201T
  • A1309G
  • A1504G
  • A1687G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • G2967A
  • T3099G
  • C3143T
  • G3145A
    • Deletions
    600-609, 622, 2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8499, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 27114, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46589, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 71178, 132813, 133092-133114, 133177-133186, 133493-133945, 139429-139431, 140193-140201, 142755, 143225-143231, 143459, 145892, 145979-145981, 146902-146915, 146969, 148354, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 154354, 154355, 155424, 155652, 156210, 156371-158634, 165054, 165055, 166656, 166657, 166712, 168214, 168962, 169025, 169165, 169581, 169772-169797, 170918, 172063, 173299-173330, 173501, 173502, 173745, 174531-174542, 178741-178744, 181114-181122, 181211-181222, 183555-183557, 187207, 187775
    Insertions
    ins_143437:NNNNN, ins_155809:T, ins_47781:NNNNNN, ins_169530:N, ins_25551:NNN, ins_18902:GGCTGNCATNTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGNACTTAAAGTCTACATTGTNGTTGTATGAGNGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGTTTTCCGTTTGATATAGGATGTGGACATTTAACAATCTGACACGTGGGTGGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCGCCTGAATATCTAGGAGTNATTAAGTTTGGAAGTCTTTTCCATTTCGAAGTGCCGTGTTTCAAATATTCTGNTATACCCGTTGAAATAGAAAATTCTAATCCTCCTATTACATATAACTTTCCATNGTTAACACAAGTACTAACTTCTGATTTTAACGACGACATATTAGTAANCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCTACCCGCGATACGNAATAAACATGTCTATTGTTAATCATGCCNCCAATAATNTATAGACAATTATGTAAAACATTTGCATNATAGAATTGTCTATCTGTATTACNGACTATCGTCCAATATTCTGTTCTAGGAGAGTAATGGGTTATTGTGNATATATAATCAGAGTTTTTAATGACTACTATATTATGTTTTATACCATTTCGTGTCACNGCTTTGTAGATTTGGATATAGTTAATCCCAACAATGCTATAGCATTGCATATANNATTAGTCATAAACTTGGGATGTAAAATGTTGATGATATCTACNTCGTTTGGATTTTTATNTATCCACTTTAATAATATTATAGCGTAACATCCTCATGATTTACGTTAACGTTTTCGTGTGATAAGATAGTGGTCAGTTCATCCTTTGATAATTTTCCAAATTC, ins_23184:TACGATGCAATNAGTAAGACAATAG, ins_755:ACA, ins_13297:NNNNNNNNNNNNNN, ins_19359:NN, ins_187944:A, ins_187083:A, ins_179250:NN, ins_158808:N, ins_629:AAGAGAG, ins_9264:A, ins_62035:N, ins_163234:NNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_10476:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_6983:T, ins_136581:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_168181:A, ins_22468:NNNNNN, ins_147438:NNA, ins_6256:TT, ins_170941:NNNNNNNNNNNNNN, ins_9568:TT, ins_29751:NNNNNNNNNNNNNNN, ins_16407:GTGT, ins_4598:T, ins_47935:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_1697:A, ins_146933:A, ins_155500:NATG, ins_181317:TA, ins_160022:CGA, ins_148280:G, ins_132439:NNNNNNNNN, ins_156002:AC, ins_51417:N, ins_169600:ATGA, ins_8608:NNNNNNNNNNNNNN, ins_146047:TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_173154:T, ins_7435:GTA, ins_89859:NNNNNNNNN, ins_173690:T, ins_174466:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCNNTATCATTAT, ins_150635:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_2762:N, ins_6527:T

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG019

  • OPG019:G112C
  • OPG019:M124R

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:S326L
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:C241Y
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:L205R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:V17I
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:C144Y
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:M160I
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG042

  • OPG042:T159I

    • OPG043

  • OPG043:T3A
  • OPG043:N68S

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N
  • OPG066:K140N
  • OPG066:L222I

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:Y12H
  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M
  • OPG096:L75P

    • OPG100

  • OPG100:R134H
  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

    • OPG108

  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:S124L

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:T493M
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:M740I

    • OPG140

  • OPG140:P39H

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:P76Q
  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:D32N
  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:R273Q
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:V96I
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D

    • OPG173

  • OPG173:N21S

    • OPG174

  • OPG174:R315C

    • OPG175

  • OPG175:Q98*

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG185

  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T
  • OPG185:T239I

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:S227F
  • OPG188:V265I
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:D208N
  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:E134G

    • OPG204

  • OPG204:N178K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S

    • OPG208

  • OPG208:I142T
  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:A475V
  • OPG210:V515A
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG049:314, OPG157:61, OPG159:143-145, OPG164:150-152, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:35-43, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG153:354:TGHHQDSXXX, ins_OPG172:4:X, ins_OPG047:483:XXXXX, ins_OPG110:77:XXX