Pathoplexus
Mpox Virus
Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus
Ebola Sudan
Ebola Zaire
HMPV
Mpox Virus
RSV-A
RSV-B
West Nile Virus
Browse
Submit
SeqSets
News
About
Docs
Login
Pathoplexus
Browse
Submit
SeqSets
News
About
Docs
Login
API docs
Governance
Funding
Contact
Status
PP_0010JXL.1
Download
Download FASTA
Download metadata TSV
Display Name: Germany/PP_0010JXL.1/2024-11-01
Brinkmann, A.;
Kohl, C.;
Schrick, L.;
Michel, J.;
Schaade, L.;
Nitsche, A.
Submission details
Submission ID
PQ662918.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:05:28 UTC
Data use terms
Data use terms
OPEN
✕
Data Use Terms History
Changed
User
Data Use Terms
2024-12-09 18:48
insdc_ingest_user
OPEN
Close
(history)
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data
Authors
Author affiliations
Robert Koch Institute, Centre for Biological Threats, Highly Pathogenic Viruses
Clade & Lineage
Clade
IIb
Lineage
D.1
Outbreak
hMPXV-1
Alignment and QC metrics
Completeness
96.03%
Frame shifts
OPG153:386-510(nt:136138-136513)
Length
190626
Stop codons
OPG019:81
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
92
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
20
Total SNPs
86
Total stop codons
1
Total unknown nucs
1323
Sample details
Earliest release date
2024-12-02
Collection country
Germany
Collection date
2024-11
Collection date (lower bound)
2024-11-01
Collection date (upper bound)
2024-11-30
Isolate name
MPXV/Germany/2024/ON/RKI1159
Host
Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID
9606
INSDC
INSDC accession
PQ662918.1
NCBI release date
2024-12-02
NCBI update date
2024-12-02
Nucleotide mutations
Mutations called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
G
1262
A
G
2591
A
G
3111
A
G
3522
A
C
3818
T
C
7771
T
C
7820
T
G
10945
A
C
10954
T
G
14000
T
C
15168
T
C
15207
T
G
15428
A
C
16060
T
A
18769
G
C
18901
T
G
21723
A
C
23564
T
Show more
Deletions
607-609, 133177-133186, 136514, 136515, 150551, 150564-150567, 179196-179267
Insertions
ins_133134:NN, ins_173317:ATATATATATATATATAT
Amino acid mutations
Mutations called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
OPG001
OPG001:
S
105
L
OPG002
OPG002:
S
54
F
OPG003
OPG003:
D
264
N
OPG019
OPG019:
Q
81
*
OPG025
OPG025:
A
21
T
OPG025:
E
34
K
OPG025:
A
423
D
OPG045
OPG045:
P
186
L
OPG047
OPG047:
R
48
C
OPG053
OPG053:
P
78
S
OPG056
OPG056:
E
125
K
OPG057
OPG057:
E
353
K
OPG064
OPG064:
M
424
I
OPG071
OPG071:
L
108
F
OPG072
OPG072:
D
56
N
OPG085
OPG085:
D
552
N
OPG092
OPG092:
D
196
N
OPG093
OPG093:
S
30
L
OPG093:
D
88
N
OPG094
OPG094:
M
142
I
OPG098
OPG098:
E
162
K
OPG105
OPG105:
S
734
L
OPG109
OPG109:
H
740
Y
OPG118
OPG118:
K
606
E
OPG121
OPG121:
S
65
L
OPG136
OPG136:
D
98
N
OPG139
OPG139:
A
17
T
OPG145
OPG145:
E
62
K
OPG145:
R
243
Q
OPG145:
E
435
K
OPG147
OPG147:
D
96
N
OPG150
OPG150:
S
307
L
OPG156
OPG156:
E
239
K
OPG161
OPG161:
S
73
F
OPG163
OPG163:
M
147
I
OPG176
OPG176:
H
221
Y
OPG193
OPG193:
L
263
F
OPG195
OPG195:
M
1
I
OPG210
OPG210:
M
24
I
OPG210:
D
209
N
OPG210:
S
408
L
OPG210:
A
486
T
OPG210:
P
722
S
OPG210:
S
1590
F
OPG210:
M
1741
I
Deletions
OPG153:385
Insertions
None
Load sequences
Report an issue with this sequence or metadata
Create GitHub issue