PP_0010JUS.1

Display Name: Germany/PP_0010JUS.1/2024-11-01
Brinkmann, A.; Kohl, C.; Schrick, L.; Michel, J.; Schaade, L.; Nitsche, A.

Submission details

Submission ID
PQ662915.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:05:28 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Robert Koch Institute, Centre for Biological Threats, Highly Pathogenic Viruses

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
B.1.22
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
96.29%
Length
190609
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
91
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
2
Total SNPs
81
Total stop codons
0
Total unknown nucs
803

Sample details

Collection country
Germany
Collection date
2024-11
Collection date (lower bound)
2024-11-01
Collection date (upper bound)
2024-11-30
Isolate name
MPXV/Germany/2024/ON/RKI1156

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PQ662915.1
NCBI release date
2024-12-02
NCBI update date
2024-12-02

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2103A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C5559T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C19399T
  • C20992T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G29656A
    • Deletions
    607-609, 133177-133186, 150551, 150568-150570, 173316, 173317, 179196-179267
    Insertions
    ins_133134:NN

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F
  • OPG002:H217Y

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG015

  • OPG015:V200I

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG034

  • OPG034:D203N

    • OPG036

  • OPG036:D25N

    • OPG046

  • OPG046:S25L

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG054

  • OPG054:D405N

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG064

  • OPG064:R124K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:D111N

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:R1309K
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None