PP_0010JKA.1

Display Name: Germany/PP_0010JKA.1/2024-10-01
Brinkmann, A.; Kohl, C.; Schrick, L.; Michel, J.; Schaade, L.; Nitsche, A.

Submission details

Submission ID
PQ662906.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:05:28 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
Robert Koch Institute, Centre for Biological Threats, Highly Pathogenic Viruses

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
D.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
95.68%
Frame shifts
OPG084:12-677(nt:64753-66752)
Length
190627
Stop codons
OPG019:81
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
91
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
20
Total SNPs
91
Total stop codons
1
Total unknown nucs
2017

Sample details

Collection country
Germany
Collection date
2024-10
Collection date (lower bound)
2024-10-01
Collection date (upper bound)
2024-10-31
Isolate name
MPXV/Germany/2024/ON/RKI1147

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

INSDC

INSDC accession
PQ662906.1
NCBI release date
2024-12-02
NCBI update date
2024-12-02

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • C7820T
  • G10945A
  • C10954T
  • G14000T
  • C15168T
  • C15207T
  • G15428A
  • C16060T
  • A18769G
  • C18901T
  • G21723A
  • C23564T
    • Deletions
    607-609, 64752, 133177-133186, 150551, 150564-150567, 179196-179267
    Insertions
    ins_173317:ATATATATATATATATAT, ins_133134:NN

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG019

  • OPG019:Q81*

    • OPG025

  • OPG025:A21T
  • OPG025:E34K
  • OPG025:A423D

    • OPG045

  • OPG045:P186L

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG048

  • OPG048:E30K

    • OPG049

  • OPG049:D99N

    • OPG052

  • OPG052:R55Q

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG064

  • OPG064:M424I

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG085

  • OPG085:D552N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG121

  • OPG121:S65L

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG147

  • OPG147:D96N

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG156

  • OPG156:E239K

    • OPG161

  • OPG161:S73F

    • OPG163

  • OPG163:M147I

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:E182K
  • OPG193:L263F

    • OPG195

  • OPG195:M1I

    • OPG210

  • OPG210:M24I
  • OPG210:D209N
  • OPG210:A486T
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1590F
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG084:11
    Insertions
    None