PP_0010J63.1

Portugal/PP_0010J63.1/2024-10-01
J. Isidro, V. Borges, M. Pinto, D. Sobral, J. Santos, A. Nunes, V. Mixao, R. Ferreira, D. Santos, S. Duarte, L. Vieira, M. J. Borrego, S. Nuncio, I. Lopes de Carvalho, A. Pelerito, R. Cordeiro & J. P. Gomes

National Institute of Health Doutor Ricardo Jorge (INSA), Department of Infectious Diseases

Sample details

Collection date
2024-10-01
Sampling location
Portugal
Isolate name
Monkeypox/PT0833/2024

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.1.1

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-11-12
NCBI update date
2024-11-12

Host

Host

Submission details

Submission ID
PQ583323.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:05:28 UTC
Earliest release date
2024-11-12

Alignment and QC

Length
195643 (94.7%)
# of SNPs
97
# of inserted bases
78
# of deleted bases
82
# of unknown bases
8941

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G12285A
  • G13563A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • G23110A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
Deletions

133177-133186, 179172-179243
Insertions

ins_133102:TT, ins_173291:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANANANAN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG023

  • OPG023:R206C

OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:P569S

OPG036

  • OPG036:M1I

OPG038

  • OPG038:S17L

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:R665C

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG181

  • OPG181:D218N

OPG185

  • OPG185:T258I

OPG188

  • OPG188:E229K

OPG189

  • OPG189:R179K

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:S1488L
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue