PP_0010HCS.1

USA/PP_0010HCS.1/2024-10
F. Taki, S. Akhter, H. Amin, J. Bologna, N. De La Cruz, A. Olsen, M. Chowdhury, X. Chen, M. Polanco, E. Omoregie & U. Siemetzki-Kapoor

NYC Department of Health and Mental Hygiene, Public Health Laboratory

Sample details

Collection date
2024-10
Sampling location
USA (NY, New York City)
Isolate name
NY-NYCPHL-0001388

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
F.4.1

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
NCBI release date
2024-10-28
NCBI update date
2024-10-28

Host

Host

Submission details

Submission ID
PQ520546.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:04:58 UTC
Earliest release date
2024-10-28

Alignment and QC

Length
195649 (95%)
# of SNPs
86
# of deleted bases
10
# of unknown bases
8327

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • C34277T
  • G34459A
Deletions

133177-133186
Insertions
N/A

Amino acid mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG037

  • OPG037:S347F

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG069

  • OPG069:E42K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG092:E348K

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG113

  • OPG113:H218Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:G312S

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG175

  • OPG175:S29L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG205

  • OPG205:D330N

OPG209

  • OPG209:S30L

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue