PP_0010HCS.1

Display Name: USA/PP_0010HCS.1/2024-10
F. Taki, S. Akhter, H. Amin, J. Bologna, N. De La Cruz, A. Olsen, M. Chowdhury, X. Chen, M. Polanco, E. Omoregie & U. Siemetzki-Kapoor

Submission details

Submission ID
PQ520546.1
Submitting group
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:04:58 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
NYC Department of Health and Mental Hygiene, Public Health Laboratory

INSDC

BioProject accession
INSDC accession
NCBI release date
2024-10-28
NCBI update date
2024-10-28

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.4
Outbreak
hMPXV-1

Alignment and QC metrics

Completeness
94.99%
Length
195649
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
10
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
0
Total SNPs
86
Total stop codons
0
Total unknown nucs
8327

Sample details

Earliest release date
2024-10-28
Collection subdivision level 1
NY, New York City
Collection country
USA
Collection date
2024-10
Collection date (lower bound)
2024-10-01
Collection date (upper bound)
2024-10-28
Isolate name
NY-NYCPHL-0001388

Host

Host name - scientific
Homo sapiens
Host taxon ID

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21394A
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • C34277T
  • G34459A
    • Deletions
    133177-133186
    Insertions
    None

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG037

  • OPG037:S347F

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG069

  • OPG069:E42K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N
  • OPG092:E348K

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG113

  • OPG113:H218Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG148

  • OPG148:G312S

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG175

  • OPG175:S29L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG205

  • OPG205:D330N

    • OPG209

  • OPG209:S30L

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue