PP_000ZT6W.1

Display Name: South_Africa/PP_000ZT6W.1/2024-06-06
Featherston, J.; Grobbelaar, A.; Glass, A.; Goedhals, D.; Hoek, K.; Maritz, J.; Govender, K.; Govender, N.; Ismail, A.; le Roux, C.; Marshall, T.; Morobadi, D.; Moodley, M.; Moolla, N.; Msimang, V.; Vardas, E.; Weyer, J.

Submission details

Submission ID
PQ141469.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:03:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
National Institute of Communicable Diseases, Sequencing Core Facility

INSDC

Bioproject accession
PRJNA1142891
Biosample accession
SAMN42963773
INSDC accession
PQ141469.1
NCBI release date
2024-11-12
NCBI update date
2024-11-12
SRA run accession
SRR30069885

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
F.2
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
99.99%
Frame shifts
OPG029:108-156(nt:16602-16748)
Length
197172
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
51
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
14
Total SNPs
87
Total stop codons
0
Total unknown nucs
15

Sample details

Collection subdivision level 1
Gauteng
Collection country
South Africa
Collection date
2024-06-06
Collection date (lower bound)
2024-06-06
Collection date (upper bound)
2024-06-06
Isolate name
SVPL_193

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • A4679T
  • T4808C
  • C4814T
  • T4817G
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25661A
    • Deletions
    602-609, 16749-16767, 133177-133186, 169769-169774, 196610-196617
    Insertions
    ins_192403:TA, ins_0:ATTTA, ins_197209:TAAAT, ins_4806:TA

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:H198Y

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG188

  • OPG188:E12K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG029:102-107, OPG197:34, OPG197:35
    Insertions
    None