PP_000Z3SD.1

Display Name: USA/PP_000Z3SD.1/2023-10-01
Sereewit, J.; Nunley, E. B.; Xie, H.; Roychoudhury, P.; Greninger, A. L.

Submission details

Submission ID
OR966869.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:02:25 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
University of Washington Dept. Laboratory Medicine and Pathology, Virology Division

INSDC

Bioproject accession
PRJNA862948
Biosample accession
SAMN38700068
INSDC accession
OR966869.1
NCBI release date
2023-12-20
NCBI update date
2023-12-20
SRA run accession
SRR27126040

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
B.1.21
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
99.87%
Frame shifts
OPG044:148-150(nt:28532-28540)
Length
197195
Total ambiguous nucs
5
Total deleted nucs
55
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
41
Total SNPs
80
Total stop codons
0
Total unknown nucs
260

Sample details

Collection subdivision level 1
WA
Collection country
USA
Collection date
2023-10
Collection date (lower bound)
2023-10-01
Collection date (upper bound)
2023-10-31
Isolate name
MpxV/human/USA/WA-UW-101262/2023

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • C18441T
  • A18769G
  • G21723A
  • G22415A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
    • Deletions
    605-609, 133177-133186, 150586-150602, 179194-179211, 196613-196617
    Insertions
    ins_173317:ATAT, ins_192403:TA, ins_28531:A, ins_0:TTTTAGTACATTAATATTAT, ins_197209:TAAATWTTAAT, ins_133102:TTT

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:A423D

    • OPG031

  • OPG031:E130K

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG088

  • OPG088:A64T

    • OPG089

  • OPG089:R46K

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG165

  • OPG165:D146N

    • OPG174

  • OPG174:M264I

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None