PP_000YXDE.1

Display Name: USA/PP_000YXDE.1/2023-09-01
Sereewit, J.; Xie, H.; Roychoudhury, P.; Greninger, A. L.

Submission details

Submission ID
OR665166.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2024-12-09 18:47:55 UTC
Date released
2024-12-09 19:01:54 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data Use Terms History

ChangedUserData Use Terms
2024-12-09 18:48insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data

Authors

Author affiliations
UW Virology, Laboratory Medicine

INSDC

Bioproject accession
PRJNA862948
Biosample accession
SAMN37756269
INSDC accession
OR665166.1
NCBI release date
2023-10-18
NCBI update date
2024-07-31
SRA run accession
SRR26344735

Clade & Lineage

Clade
IIb
Lineage
C.1
Outbreak
hMPXV-1

Alignment states and QC metrics

Completeness
100.00%
Length
197189
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
53
Total frame shifts
0
Total inserted nucs
33
Total SNPs
79
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Collection subdivision level 1
Washington
Collection country
USA
Collection date
2023-09
Collection date (lower bound)
2023-09-01
Collection date (upper bound)
2023-09-30
Isolate name
MpxV/human/USA/WA-UW-092809/2023

Host

Host name scientific
Homo sapiens
Host taxon id
9606

Nucleotide mutations

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G13434A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G29650A
  • G30367A
  • G31053A
    • Deletions
    606-609, 133177-133186, 150586-150602, 179194-179211, 196614-196617
    Insertions
    ins_0:AATTTA, ins_173317:ATAT, ins_197209:ATAATATTAATGTACTAAAA, ins_133102:TTT

    Amino acid mutations

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG016

  • OPG016:R84K

    • OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:R612C

    • OPG046

  • OPG046:T27I

    • OPG047

  • OPG047:R48C

    • OPG050

  • OPG050:R26Q

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K
  • OPG056:S354L

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG074

  • OPG074:R665C

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:K606E

    • OPG124

  • OPG124:L16F

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    None
    Insertions
    None