PP_004D1RL.1

Display Name: USA/PP_004D1RL.1/2025-09-29
S. Green, K. Kunstman, H. Barbian, F. Araujo Perez, A. Kittner, S. Bobrovska & E. Newcomer

Sample details

Collection date
2025-09-29
Country
USA
Admin level 1
IL, Chicago
Isolate name
hMpxV/USA/IL-RIPHL-050-0314/2025

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-11-13 04:42insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
F.2

Authors

Author affiliations
Rush University Medical Center, Regional Innovative Public Health Laboratory (RIPHL)

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2025-11-12
NCBI update date
2025-11-12

Host

Host taxon ID
Host name - scientific
Homo sapiens

Alignment and QC metrics

Length
195596
Completeness
98.73%
# of SNPs
99
# of inserted bases
43
# of deleted bases
100
# of ambiguous bases
0
# of unknown bases
941
# of frame shifts
1
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG019:143(nt:8004-8008)

Submission details

Submission ID
PX492124.1
Submitting group
Date submitted
2025-11-13 04:42:02 UTC
Date released
2025-11-13 04:51:15 UTC
Earliest release date
2025-11-12

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • G7224A
  • C7771T
  • G14000T
  • C14109T
  • G15428A
  • A18769G
  • C20453T
  • G21723A
  • C22167T
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
    • Deletions
    8003, 179145-179243
    Insertions
    ins_133502:NNN, ins_136554:ATC, ins_157311:T, ins_173300:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG001

  • OPG001:S105L

    • OPG002

  • OPG002:S54F

    • OPG003

  • OPG003:D264N

    • OPG025

  • OPG025:E387K
  • OPG025:A423D

    • OPG047

  • OPG047:R48C
  • OPG047:L206F

    • OPG053

  • OPG053:P78S

    • OPG056

  • OPG056:E125K

    • OPG057

  • OPG057:E353K

    • OPG062

  • OPG062:R59K

    • OPG066

  • OPG066:R25Q

    • OPG071

  • OPG071:L108F

    • OPG072

  • OPG072:D56N

    • OPG092

  • OPG092:D196N

    • OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:E63K
  • OPG093:D88N

    • OPG094

  • OPG094:M142I

    • OPG098

  • OPG098:E162K

    • OPG105

  • OPG105:S734L

    • OPG109

  • OPG109:H740Y

    • OPG118

  • OPG118:G4E
  • OPG118:K606E

    • OPG122

  • OPG122:S210L

    • OPG136

  • OPG136:D98N

    • OPG138

  • OPG138:R94K

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

    • OPG150

  • OPG150:S307L

    • OPG153

  • OPG153:M114I
  • OPG153:E270K

    • OPG176

  • OPG176:H221Y

    • OPG188

  • OPG188:E12K

    • OPG193

  • OPG193:L263F

    • OPG198

  • OPG198:D94N

    • OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
    • Deletions
    OPG019:142
    Insertions
    ins_OPG153:385:D

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue