Display Name: Sierra_Leone/PP_0033TTB.1/2025-05-13
Allan K. O. Campbell, Edyth Parker, Ifeanyi Omah, Choe Miller, Julian Campbell, Vidalyn Folorunso, Naomi Daniel-Sesay, Anu J. Williams, Sia Mani, Roberta Lansana, Amanda Kargbo, Komba Koninga, Harry Adi, Simon Ruhweza, Abu James, Jonathan Greene, Monique Forster, John Klena, Crystal Gigante, Danny Park, Abebaw Kebede, Collins Tanui, Sofonias Tessema, Yenew Kebede, ..., Foday Sahr

Sample details

Collection date
2025-05-13
Country
Sierra Leone
Admin level 1
Western-Area-Urban

Data use terms

Data use terms
OPEN

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
hMPXV-1
Lineage
G.1

Authors

Author affiliations
Central Public Health Reference Laboratory, National Public Health Agency (NPHA) Sierra Leone, Africa Centers for Disease Control and Prevention, U.S. Centers for Disease Control and Prevention, World Health Organization, The Broad Institute of MIT and Harvard Cambridge MA USA, Institute of Genomics and Global Health Redeemer�s University Ede Osun State Nigeria,...

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Alignment and QC metrics

Length
197190
Completeness
100.00%
# of SNPs
81
# of inserted bases
2
# of deleted bases
21
# of ambiguous bases
1
# of unknown bases
1
# of frame shifts
2
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG027:93-151(nt:15925-16101),OPG174:290-347(nt:148355-148528)

Submission details

Submission ID
878_S10
Date submitted
2025-08-16 15:29:27 UTC
Date released
2025-08-16 15:31:29 UTC
Earliest release date
2025-08-16

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C4611T
  • G4969A
  • C6105T
  • C6555T
  • G8560A
  • C10173T
  • C11880T
  • G11948A
  • C13298T
  • C14790T
  • A18769G
  • C18792T
  • G19676A
  • G20913A
  • C21359T
  • G21991A
  • G23118A
  • G28139A
  • Deletions
    607-609, 148529-148535, 163207-163214, 196615-196617
    Insertions
    ins_16101:T, ins_170904:T

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG015

  • OPG015:D18N
  • OPG021

  • OPG021:S196L
  • OPG023

  • OPG023:S318F
  • OPG023:D341N
  • OPG025

  • OPG025:D160N
  • OPG031

  • OPG031:D13N
  • OPG036

  • OPG036:S51F
  • OPG037

  • OPG037:S148L
  • OPG037:V359I
  • OPG044

  • OPG044:D17N
  • OPG047

  • OPG047:D187N
  • OPG049

  • OPG049:S95L
  • OPG053

  • OPG053:G38E
  • OPG060

  • OPG060:S107L
  • OPG083

  • OPG083:R341K
  • OPG092

  • OPG092:D90N
  • OPG098

  • OPG098:E162K
  • OPG106

  • OPG106:R29K
  • OPG112

  • OPG112:E85K
  • OPG113

  • OPG113:V528I
  • OPG113:E553K
  • OPG118

  • OPG118:K606E
  • OPG122

  • OPG122:H198Y
  • OPG132

  • OPG132:E326K
  • OPG132:M357I
  • OPG133

  • OPG133:S616F
  • OPG136

  • OPG136:A327T
  • OPG145

  • OPG145:D29N
  • OPG150

  • OPG150:S43L
  • OPG172

  • OPG172:E56K
  • OPG174

  • OPG174:G11R
  • OPG174:S44L
  • OPG176

  • OPG176:Q22*
  • OPG180

  • OPG180:D442N
  • OPG185

  • OPG185:D68N
  • OPG188

  • OPG188:H120Y
  • OPG190

  • OPG190:P221S
  • OPG198

  • OPG198:E57K
  • OPG204

  • OPG204:E314K
  • OPG205

  • OPG205:R689C
  • OPG210

  • OPG210:D159N
  • OPG210:D1877N
  • Deletions
    OPG174:288, OPG174:289
    Insertions
    None

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue