PP_0031ZT9.1

Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PP_0031ZT9.1/2024-02-27
Meris Matondo-Kuamfumu, P. Baelo, Audrey Lacroix, G. Odia Kadima, S. P. Ndimbo-Kumugo, Eddy Kinganda-Lusamaki, Antoine Nkuba -Ndaye, Jill-Lea. Ramassamy, Tine Cooreman, M. Geraerts, N. Laurent, R. Van Vreedendaal, L. Fourchault, L. Joffrin, A. Laudisoit, Laurens Liesenborghs, Koen Vercauteren, K. Arien, Tessa De Block, Daan Jansen, C. Nebesse, S. Ngoy, C. Mande, Fiston Cikaya-Kankolongo, ..., Steve Ahuka-Mundeke

Sample details

Collection date
2024-02-27
Country
Democratic Republic of the Congo
Admin level 1
Tshopo
Admin level 2
Masako
Isolate name
PFPX-011/L818124

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-04 08:28eddylusamakiRESTRICTED until 2025-08-08
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host name - scientific
Praomys jacksoni

Sequencing

Sequencing date
2024-08-22
Sequencing instrument
GridION
Sequencing protocol
hybridization capture probe-based protocols
Depth of coverage
10

Alignment and QC metrics

Length
192787
Completeness
71.41%
# of SNPs
557
# of inserted bases
2727
# of deleted bases
3060
# of ambiguous bases
20
# of unknown bases
52274
# of frame shifts
14
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG031:194-317(nt:17878-18249),OPG037:110-117(nt:22083-22107),OPG037:161-443(nt:21105-21953),OPG047:480-483(nt:29746-29758),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG089:177-435(nt:70393-71170),OPG097:25-345(nt:75841-76803),OPG105:283-285(nt:81970-81980),OPG143:8-378(nt:122182-123294),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG197:18-35(nt:169721-169774),...

Submission details

Submission ID
L818124
Submitting group
Date submitted
2025-08-04 08:28:24 UTC
Date released
2025-08-04 08:29:03 UTC
Earliest release date
2025-08-04

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
  • C3143T
  • G3308T
  • A3420G
  • A3450G
  • G4042A
  • G4691A
  • T4836G
  • C4920A
  • G5751A
  • C5809T
  • A6076G
  • A6146G
  • T6159C
  • C6904T
    • Deletions
    2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 17877-17879, 22108, 27114, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 41935, 46506-46508, 46596, 46648, 47576, 71178, 81969, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139640-139651, 142755, 143459, 150539, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 158402-160654,...
    Insertions
    ins_2762:A, ins_4598:T, ins_6256:TT, ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_9065:NNNNN, ins_9264:A, ins_10916:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_18249:A, ins_18263:TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S

    • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

    • OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:L136F
  • OPG015:V413L

    • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

    • OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:T602N
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:M175R

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M

    • OPG100

  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

    • OPG109

  • OPG109:R364S

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG119

  • OPG119:T88R

    • OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:H213R

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:I370D
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG162

  • OPG162:T62P

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S344T
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:C506H

    • OPG197

  • OPG197:M1I

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

    • OPG199

  • OPG199:T218S
  • OPG199:K230E

    • OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

    • OPG205

  • OPG205:D256N
  • OPG205:V690A

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG049:314, OPG105:282, OPG164:228
    Insertions
    ins_OPG031:317:XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX...

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue