PP_0031ZT9.1

Democratic_Republic_of_the_Congo/PP_0031ZT9.1/2024-02-27
Meris Matondo-Kuamfumu, P. Baelo, Audrey Lacroix, G. Odia Kadima, S. P. Ndimbo-Kumugo, Eddy Kinganda-Lusamaki, Antoine Nkuba -Ndaye, Jill-Lea. Ramassamy, Tine Cooreman, M. Geraerts, N. Laurent, R. Van Vreedendaal, L. Fourchault, L. Joffrin, A. Laudisoit, Laurens Liesenborghs, Koen Vercauteren, K. Arien, Tessa De Block, Daan Jansen, C. Nebesse, S. Ngoy, C. Mande, Fiston Cikaya-Kankolongo, ..., Steve Ahuka-Mundeke

Sample details

Collection date
2024-02-27
Sampling location
Democratic Republic of the Congo (Masako, Tshopo)
Isolate name
PFPX-011/L818124

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-04 08:28eddylusamakiRESTRICTED until 2025-08-08
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing date
2024-08-22
Sequencing instrument
GridION
Sequencing protocol
hybridization capture probe-based protocols
Depth of coverage
10

Submission details

Submission ID
L818124
Submitting group
Date submitted
2025-08-04 08:28:24 UTC
Date released
2025-08-04 08:29:03 UTC
Earliest release date
2025-08-04

Alignment and QC

Length
192787 (71.4%)
# of SNPs
557
# of inserted bases
2727
# of deleted bases
3060
# of ambiguous bases
20
# of unknown bases
52274
# of frame shifts
14
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG031:194-317(nt:17878-18249),OPG037:110-117(nt:22083-22107),OPG037:161-443(nt:21105-21953),OPG047:480-483(nt:29746-29758),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG089:177-435(nt:70393-71170),OPG097:25-345(nt:75841-76803),OPG105:283-285(nt:81970-81980),OPG143:8-378(nt:122182-123294),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG197:18-35(nt:169721-169774),...

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C2391A
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
  • C3143T
  • G3308T
  • A3420G
  • A3450G
  • G4042A
  • G4691A
  • T4836G
  • C4920A
  • G5751A
  • C5809T
  • A6076G
  • A6146G
  • T6159C
  • C6904T
Deletions

2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 9282, 9529, 13276, 13353, 15549, 15550, 15872, 16608-16613, 17877-17879, 22108, 27114, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 41935, 46506-46508, 46596, 46648, 47576, 71178, 81969, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139640-139651, 142755, 143459, 150539, 151022-151026, 151043, 152267-152269, 158402-160654,...
Insertions

ins_2762:A, ins_4598:T, ins_6256:TT, ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_9065:NNNNN, ins_9264:A, ins_10916:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_18249:A, ins_18263:TCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG002

  • OPG002:A121S

OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D
  • OPG005:M131I

OPG015

  • OPG015:V4A
  • OPG015:L136F
  • OPG015:V413L

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:D121E

OPG023

  • OPG023:A90V
  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

OPG043

  • OPG043:T3A

OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

OPG045

  • OPG045:A185T

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:I232K

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:T602N
  • OPG056:C622Y

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

OPG084

  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG089

  • OPG089:M175R

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG096

  • OPG096:I68M

OPG100

  • OPG100:K152Q

OPG101

  • OPG101:T153A

OPG102

  • OPG102:I249V

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V

OPG109

  • OPG109:R364S

OPG112

  • OPG112:H34R

OPG113

  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

OPG119

  • OPG119:T88R

OPG120

  • OPG120:A19T
  • OPG120:H213R

OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

OPG133

  • OPG133:F594S

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:R205H
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:I370D
  • OPG153:Q493P

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG162

  • OPG162:T62P

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

OPG178

  • OPG178:I139V

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:S344T
  • OPG188:S419R

OPG189

  • OPG189:C506H

OPG197

  • OPG197:M1I

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V
  • OPG198:Q133R

OPG199

  • OPG199:T218S
  • OPG199:K230E

OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

OPG205

  • OPG205:D256N
  • OPG205:V690A

OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
Deletions

OPG002

OPG002:172

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG049

OPG049:314

OPG105

OPG105:282

OPG164

OPG164:228
Insertions

OPG031

ins_OPG031:317:XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX...

OPG047

ins_OPG047:477:NGMG

OPG153

ins_OPG153:382:XXXXXXXDDDD

OPG164

ins_OPG164:213:X

OPG197

ins_OPG197:30:YIYIYIYIYIYXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXRRYHERVEDIMNEXXXXXXX, ins_OPG197:46:X

OPG205

ins_OPG205:736:QS

OPG210

ins_OPG210:696:ASX

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue