PP_0031ZSB.1

Democratic_Republic_of_the_Congo/PP_0031ZSB.1/2023-10-03
Meris Matondo-Kuamfumu, P. Baelo, Audrey Lacroix, G. Odia Kadima, S. P. Ndimbo-Kumugo, Eddy Kinganda-Lusamaki, Antoine Nkuba -Ndaye, Jill-Lea. Ramassamy, Tine Cooreman, M. Geraerts, N. Laurent, R. Van Vreedendaal, L. Fourchault, L. Joffrin, A. Laudisoit, Laurens Liesenborghs, Koen Vercauteren, K. Arien, Tessa De Block, Daan Jansen, C. Nebesse, S. Ngoy, C. Mande, Fiston Cikaya-Kankolongo, ..., Steve Ahuka-Mundeke

Sample details

Collection date
2023-10-03
Sampling location
Democratic Republic of the Congo (Yelenge, Tshopo)
Isolate name
YLG044

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-04 08:28eddylusamakiRESTRICTED until 2025-08-08
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host

Sequencing

Sequencing date
2024-05-03
Sequencing instrument
Miseq
Sequencing protocol
amplicon sequencing
Depth of coverage
1601

Submission details

Submission ID
YLG044
Submitting group
Date submitted
2025-08-04 08:28:24 UTC
Date released
2025-08-04 08:29:03 UTC
Earliest release date
2025-08-04

Alignment and QC

Length
195169 (95.2%)
# of SNPs
781
# of inserted bases
2703
# of deleted bases
3120
# of ambiguous bases
16
# of unknown bases
7733
# of frame shifts
10
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG030:198-207(nt:17213-17242),OPG047:477-482(nt:29749-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG105:286-1287(nt:81981-84986),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG205:732-788(nt:177849-178019),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • A1504G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • C2455T
  • A2482G
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
  • C3143T
  • A3420G
  • A3450G
  • G4042A
  • G4691A
  • T4836G
  • C5523T
  • T6159C
Deletions

2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15602, 15603, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 25371-25376, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945,...
Insertions

ins_1700:NN, ins_4598:T, ins_6256:TT, ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8843:NNNNNN, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTNNNNNNNNNNNNATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_17242:T, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAG...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D

OPG015

  • OPG015:E212K

OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:E96D
  • OPG016:D121E

OPG019

  • OPG019:M124G

OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

OPG022

  • OPG022:V21D
  • OPG022:G73D

OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

OPG024

  • OPG024:S32G

OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

OPG029

  • OPG029:C146R

OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:M271K

OPG034

  • OPG034:L205R

OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

OPG037

  • OPG037:H90N
  • OPG037:C144Y
  • OPG037:Y331H
  • OPG037:C415R

OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

OPG039

  • OPG039:C279Y

OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG043

  • OPG043:T3A

OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

OPG045

  • OPG045:A185T

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:I232K

OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:P249S
  • OPG049:T263M

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:I589T
  • OPG056:C622Y

OPG059

  • OPG059:I26L

OPG063

  • OPG063:V307A

OPG064

  • OPG064:A88S

OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

OPG070

  • OPG070:H205Y

OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

OPG072

  • OPG072:V10I

OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

OPG076

  • OPG076:S20N

OPG079

  • OPG079:C45Y

OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:T402A
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

OPG089

  • OPG089:D303E

OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

OPG092

  • OPG092:I244N

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG096

  • OPG096:I68M

OPG100

  • OPG100:K152Q

OPG101

  • OPG101:T153A

OPG102

  • OPG102:I249V

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:V113G

OPG108

  • OPG108:T111I

OPG109

  • OPG109:R301C
  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

OPG111

  • OPG111:I77V

OPG112

  • OPG112:H34R

OPG113

  • OPG113:V537I

OPG117

  • OPG117:D454N

OPG118

  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:A19T

OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

OPG133

  • OPG133:F594S

OPG134

  • OPG134:E226D

OPG135

  • OPG135:V90E

OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:R344K

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG144

  • OPG144:T184I

OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

OPG148

  • OPG148:I313S

OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

OPG157

  • OPG157:M24V

OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

OPG160

  • OPG160:P2S

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46A

OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D
  • OPG172:R164K

OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

OPG178

  • OPG178:I139V

OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

OPG185

  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T

OPG187

  • OPG187:K300*

OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:R373L
  • OPG188:S419R

OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

OPG192

  • OPG192:G100E

OPG193

  • OPG193:I108R

OPG195

  • OPG195:C120S

OPG197

  • OPG197:M1I

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V

OPG199

  • OPG199:K230E
  • OPG199:A297T

OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

OPG204

  • OPG204:N178K

OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A

OPG208

  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:P692H
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
Deletions

OPG002

OPG002:172

OPG029

OPG029:153, OPG029:154

OPG031

OPG031:258

OPG040

OPG040:35, OPG040:36

OPG049

OPG049:314

OPG157

OPG157:61

OPG159

OPG159:124-126

OPG164

OPG164:228

OPG180

OPG180:555

OPG191

OPG191:166

OPG197

OPG197:18, OPG197:19

OPG210

OPG210:734
Insertions

OPG047

ins_OPG047:477:NGXXX

OPG110

ins_OPG110:87:XXX

OPG153

ins_OPG153:369:DD, ins_OPG153:379:XXXXXXXXX

OPG164

ins_OPG164:212:*

OPG172

ins_OPG172:3:MMMM

OPG205

ins_OPG205:788:XX

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue