PP_0031ZSB.1

Display Name: Democratic_Republic_of_the_Congo/PP_0031ZSB.1/2023-10-03
Meris Matondo-Kuamfumu, P. Baelo, Audrey Lacroix, G. Odia Kadima, S. P. Ndimbo-Kumugo, Eddy Kinganda-Lusamaki, Antoine Nkuba -Ndaye, Jill-Lea. Ramassamy, Tine Cooreman, M. Geraerts, N. Laurent, R. Van Vreedendaal, L. Fourchault, L. Joffrin, A. Laudisoit, Laurens Liesenborghs, Koen Vercauteren, K. Arien, Tessa De Block, Daan Jansen, C. Nebesse, S. Ngoy, C. Mande, Fiston Cikaya-Kankolongo, ..., Steve Ahuka-Mundeke

Sample details

Collection date
2023-10-03
Country
Democratic Republic of the Congo
Admin level 1
Tshopo
Admin level 2
Yelenge
Isolate name
YLG044

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-08-04 08:28eddylusamakiRESTRICTED until 2025-08-08
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Host

Host name - scientific
Paraxerus sp

Sequencing

Sequencing date
2024-05-03
Sequencing instrument
Miseq
Sequencing protocol
amplicon sequencing
Depth of coverage
1601

Alignment and QC metrics

Length
195169
Completeness
95.25%
# of SNPs
781
# of inserted bases
2703
# of deleted bases
3120
# of ambiguous bases
16
# of unknown bases
7733
# of frame shifts
10
# of stop codons
0
Frame shifts
OPG003:4-589(nt:2841-4598),OPG030:198-207(nt:17213-17242),OPG047:477-482(nt:29749-29766),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG105:286-1287(nt:81981-84986),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG205:732-788(nt:177849-178019),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)

Submission details

Submission ID
YLG044
Submitting group
Date submitted
2025-08-04 08:28:24 UTC
Date released
2025-08-04 08:29:03 UTC
Earliest release date
2025-08-04

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • A1504G
  • A1813C
  • T1814G
  • T2086G
  • C2391A
  • C2455T
  • A2482G
  • T2554C
  • C2659T
  • T3099G
  • C3143T
  • A3420G
  • A3450G
  • G4042A
  • G4691A
  • T4836G
  • C5523T
  • T6159C
    • Deletions
    2239-2241, 4693-4775, 6432, 6433, 7021-7026, 7148-7151, 7405, 8055, 8919, 8993, 9282, 9529, 13276, 13353, 15602, 15603, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 23171, 24310, 24338, 25371-25376, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 39076, 41935, 46506-46508, 46596, 46648, 47576, 47700, 47701, 48166-48168, 50500, 50501, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945,...
    Insertions
    ins_1700:NN, ins_4598:T, ins_6256:TT, ins_6527:T, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8843:NNNNNN, ins_9264:A, ins_9568:TT, ins_10453:TAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTNNNNNNNNNNNNATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGAT, ins_13297:TAGTTTCTATTTTTA, ins_16407:GTGT, ins_17242:T, ins_18902:GGCTGCCATGTATTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAG...

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

    Substitutions

    OPG002

  • OPG002:A121S
  • OPG002:N313T

    • OPG005

  • OPG005:S3F
  • OPG005:N74D

    • OPG015

  • OPG015:E212K

    • OPG016

  • OPG016:S63A
  • OPG016:E80V
  • OPG016:E96D
  • OPG016:D121E

    • OPG019

  • OPG019:M124G

    • OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:S219L
  • OPG021:K230R

    • OPG022

  • OPG022:V21D
  • OPG022:G73D

    • OPG023

  • OPG023:M109I
  • OPG023:V174A
  • OPG023:A193S
  • OPG023:S258L
  • OPG023:Y300H
  • OPG023:C304R
  • OPG023:V426T
  • OPG023:T488A
  • OPG023:L602I
  • OPG023:K637E

    • OPG024

  • OPG024:S32G

    • OPG025

  • OPG025:E393K
  • OPG025:I425V

    • OPG027

  • OPG027:I47V
  • OPG027:F79L
  • OPG027:V126I

    • OPG029

  • OPG029:C146R

    • OPG030

  • OPG030:N12D
  • OPG030:S113N

    • OPG031

  • OPG031:T80M
  • OPG031:D117E
  • OPG031:M271K

    • OPG034

  • OPG034:L205R

    • OPG036

  • OPG036:S11P
  • OPG036:D25E

    • OPG037

  • OPG037:H90N
  • OPG037:C144Y
  • OPG037:Y331H
  • OPG037:C415R

    • OPG038

  • OPG038:H27P
  • OPG038:V78I

    • OPG039

  • OPG039:C279Y

    • OPG040

  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

    • OPG043

  • OPG043:T3A

    • OPG044

  • OPG044:V63A
  • OPG044:T109A
  • OPG044:M148L

    • OPG045

  • OPG045:A185T

    • OPG046

  • OPG046:S95N

    • OPG047

  • OPG047:I232K

    • OPG049

  • OPG049:E17V
  • OPG049:M37V
  • OPG049:P249S
  • OPG049:T263M

    • OPG054

  • OPG054:R438G

    • OPG056

  • OPG056:V323A
  • OPG056:I589T
  • OPG056:C622Y

    • OPG059

  • OPG059:I26L

    • OPG063

  • OPG063:V307A

    • OPG064

  • OPG064:A88S

    • OPG065

  • OPG065:A17T
  • OPG065:N23D
  • OPG065:H61N

    • OPG066

  • OPG066:K83R
  • OPG066:H97N

    • OPG068

  • OPG068:P251S
  • OPG068:D341E

    • OPG070

  • OPG070:H205Y

    • OPG071

  • OPG071:L411W
  • OPG071:I428T
  • OPG071:A484S
  • OPG071:I501V

    • OPG072

  • OPG072:V10I

    • OPG074

  • OPG074:N199D
  • OPG074:I441V

    • OPG076

  • OPG076:S20N

    • OPG079

  • OPG079:C45Y

    • OPG080

  • OPG080:D321E
  • OPG080:C382S
  • OPG080:T402A
  • OPG080:L521P
  • OPG080:P582H

    • OPG084

  • OPG084:S211T
  • OPG084:Q620R

    • OPG085

  • OPG085:S79T
  • OPG085:T328A
  • OPG085:F591V

    • OPG089

  • OPG089:D303E

    • OPG091

  • OPG091:V62I
  • OPG091:S73N

    • OPG092

  • OPG092:I244N

    • OPG094

  • OPG094:R175T

    • OPG096

  • OPG096:I68M

    • OPG100

  • OPG100:K152Q

    • OPG101

  • OPG101:T153A

    • OPG102

  • OPG102:I249V

    • OPG104

  • OPG104:T12A

    • OPG105

  • OPG105:V113G

    • OPG108

  • OPG108:T111I

    • OPG109

  • OPG109:R301C
  • OPG109:R364S
  • OPG109:A622T
  • OPG109:A630T

    • OPG111

  • OPG111:I77V

    • OPG112

  • OPG112:H34R

    • OPG113

  • OPG113:V537I

    • OPG117

  • OPG117:D454N

    • OPG118

  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

    • OPG120

  • OPG120:A19T

    • OPG123

  • OPG123:I172T
  • OPG123:A313T
  • OPG123:C436Y

    • OPG125

  • OPG125:E111D
  • OPG125:I514V

    • OPG130

  • OPG130:T63V
  • OPG130:T122A
  • OPG130:L270I

    • OPG133

  • OPG133:F594S

    • OPG134

  • OPG134:E226D

    • OPG135

  • OPG135:V90E

    • OPG136

  • OPG136:A229T
  • OPG136:D267N
  • OPG136:F283Y
  • OPG136:R344K

    • OPG139

  • OPG139:A17T

    • OPG144

  • OPG144:T184I

    • OPG145

  • OPG145:I249V
  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P
  • OPG145:Q463R

    • OPG148

  • OPG148:I313S

    • OPG150

  • OPG150:N100D
  • OPG150:D256E

    • OPG151

  • OPG151:D6V
  • OPG151:N282D

    • OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:I355T
  • OPG153:Y358H
  • OPG153:Q493P

    • OPG154

  • OPG154:R74H
  • OPG154:H107R

    • OPG156

  • OPG156:Y42S
  • OPG156:T222A
  • OPG156:I261M

    • OPG157

  • OPG157:M24V

    • OPG159

  • OPG159:T2A
  • OPG159:L36S

    • OPG160

  • OPG160:P2S

    • OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

    • OPG163

  • OPG163:V46A

    • OPG164

  • OPG164:I111V
  • OPG164:Y217H

    • OPG165

  • OPG165:D106N
  • OPG165:S161L

    • OPG167

  • OPG167:Y107S
  • OPG167:I112V

    • OPG170

  • OPG170:G31D
  • OPG170:M111I

    • OPG172

  • OPG172:A125V
  • OPG172:M145T
  • OPG172:Y160D
  • OPG172:R164K

    • OPG176

  • OPG176:D24N
  • OPG176:L227S

    • OPG178

  • OPG178:I139V

    • OPG181

  • OPG181:L85M
  • OPG181:S127Y

    • OPG185

  • OPG185:D177E
  • OPG185:I205T

    • OPG187

  • OPG187:K300*

    • OPG188

  • OPG188:V265I
  • OPG188:R373L
  • OPG188:S419R

    • OPG189

  • OPG189:K185R
  • OPG189:C506H

    • OPG191

  • OPG191:P50Q
  • OPG191:F80C

    • OPG192

  • OPG192:G100E

    • OPG193

  • OPG193:I108R

    • OPG195

  • OPG195:C120S

    • OPG197

  • OPG197:M1I

    • OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:I100V

    • OPG199

  • OPG199:K230E
  • OPG199:A297T

    • OPG200

  • OPG200:D52G
  • OPG200:E134G

    • OPG204

  • OPG204:N178K

    • OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:C349Y
  • OPG205:G354S
  • OPG205:V621A
  • OPG205:V690A

    • OPG208

  • OPG208:T300A
  • OPG208:V311A

    • OPG209

  • OPG209:I11V
  • OPG209:L21F

    • OPG210

  • OPG210:F3L
  • OPG210:A98D
  • OPG210:V173I
  • OPG210:K331N
  • OPG210:N334I
  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:V515A
  • OPG210:P692H
  • OPG210:S781P
  • OPG210:V788A
  • OPG210:T928A
  • OPG210:A1305T
  • OPG210:L1704R
  • OPG210:D1717G
  • OPG210:E1863D
    • Deletions
    OPG002:172, OPG029:153, OPG029:154, OPG031:258, OPG040:35, OPG040:36, OPG049:314, OPG157:61, OPG159:124-126, OPG164:228, OPG180:555, OPG191:166, OPG197:18, OPG197:19, OPG210:734
    Insertions
    ins_OPG047:477:NGXXX, ins_OPG110:87:XXX, ins_OPG153:369:DD, ins_OPG153:379:XXXXXXXXX, ins_OPG164:212:*, ins_OPG172:3:MMMM, ins_OPG205:788:XX

    Report an issue with this sequence or metadata

    Create GitHub issue