Cote_d'Ivoire/PP_0031VZ1.1/2023-01-31
Carme Riutord-Fe, Jasmin Schlotterbeck, Lorenzo Lagostina, Leonce Kouadio, Harriet R. Herridge, Moritz J. S. Jochum, Nea Yves Noma, Ane Lopez-Morales, Donata Hoffmann, Sten Calvelage, Hjalmar Kuhl, Alexander Mielke, Catherine Crockford, Roman M. Wittig, Martin Beer, Sery Gonedele-Bi, Jan F. Gogarten, Sebastien Calvignac-Spencer, Ariane Dux, Livia V. Patrono & Fabian H. Leendertz

Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany, Tai Chimpanzee Project, Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire, Abidjan, Côte d’Ivoire; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany; Tai Chimpanzee Project, Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire, Abidjan, Côte d’Ivoire, Université Peleforo Gon Coulibaly Korhogo, Korhogo, Côte d’Ivoire; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany, Senckenberg Museum of Natural History, Görlitz, Germany; Tai Chimpanzee Project, Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire, Abidjan, Côte d’Ivoire; Institute of Diagnostic Virology, Friedrich Löffler Institute, Greifswald-Insel Riems, Germany; Senckenberg Museum of Natural History, Görlitz, Germany; Tai Chimpanzee Project, Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire, Abidjan, Côte d’Ivoire, Ape Social Mind Lab, Institute of Cognitive Sciences, CNRS UMR5229 University of Lyon, Lyon, France; Laboratoire de Biotechnologie, Agriculture et Valorisation des Ressources Biologiques, UFR Biosciences, Université Félix Houphouët-Boigny d’Abidjan-Cocody, Abidjan, Côte d’Ivoire; Evolutionary Community Ecology Research Group, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany, University of Greifswald, Greifswald, Germany; University of Greifswald, Greifswald, Germany, Department of Pathogen Evolution, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany, University Medicine Greifswald, Greifswald, Germany; Department of Ecology and Emergence of Zoonotic Diseases, Helmholtz Institute for One Health, Greifswald, Germany, Tai Chimpanzee Project, Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire, Abidjan, Côte d’Ivoire, University of Greifswald, Greifswald, Germany, University Medicine Greifswald, Greifswald, Germany

Sample details

Collection date
2023-01-31
Sampling location
Cote d'Ivoire (Taï National Park, Bas-Sassandra District)
Culture ID
no

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-07-22 13:14hioh2025OPEN

Clade & Lineage

Clade
IIa
Outbreak
None
Lineage
None

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
GCA accession

Sampling

Collection device
2ml Cryotube, scalpel and tweezers
Collection method
necropsy

Sequencing

Sequencing date
2023-08-02
Sequencing instrument
Illumina MiniSeq
Sequencing protocol
hybridization capture
Depth of coverage
371

Submission details

Submission ID
MPXV/CotedIvoire/Cercocebusatys_N230131/TaiNationalPark/31-01-2023
Submitting group
Date submitted
2025-07-22 13:14:15 UTC
Date released
2025-07-22 13:52:33 UTC
Earliest release date
2025-07-22

Alignment and QC

Length
181624 (92.3%)
# of SNPs
372
# of inserted bases
309
# of deleted bases
642
# of ambiguous bases
2
# of unknown bases
20
# of frame shifts
6
Frame shifts
OPG037:442-443(nt:21105-21110),OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG104:58-134(nt:80618-80848),OPG153:370-371(nt:136556-136560),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG195:74-222(nt:168448-168895)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • T6660C
  • T6663G
  • A6664C
  • T6675C
  • A6677G
  • A6679T
  • T6685A
  • A6686G
  • G6699T
  • C6722A
  • T6727C
  • A6729G
  • T6733A
  • A6734C
  • T6749A
  • A6751G
  • A6780C
  • A6872C
Deletions

6669-6673, 6688-6694, 6703-6719, 6742-6744, 6752-6778, 6785-6827, 6832-6857, 6863-6869, 6874-6895, 6906-6917, 6934-6983, 6994-7060, 7067-7080, 7579, 8055, 8499, 8993, 15700, 15701, 21111, 24232-24234, 25368-25370, 32210-32212, 33199, 33414, 91246-91251, 132813, 133090-133102, 133177-133186, 133428, 136555, 140134-140142, 150543-150574, 156414, 156415, 156548, 156549, 157678-157696,...
Insertions

ins_6660:TG, ins_6723:GG, ins_6925:G, ins_7435:GTA, ins_10431:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAGATTAG, ins_12984:AT, ins_16622:ATC, ins_19099:T, ins_19325:TGTAAA, ins_19352:NNNA, ins_22482:TTCTATTTCTAT, ins_24309:TAAAATAATTATTCCTTACATCGTACCCATCAATATAA, ins_29748:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATTCCATTCCATTCCATT, ins_62041:A, ins_80577:GA, ins_80613:AT, ins_80848:T,...

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG019

  • OPG019:M124R

OPG021

  • OPG021:V38I
  • OPG021:K230R

OPG022

  • OPG022:G73D

OPG023

  • OPG023:V114I
  • OPG023:D386N
  • OPG023:V426A
  • OPG023:T488A

OPG025

  • OPG025:C520Y

OPG031

  • OPG031:M271K

OPG034

  • OPG034:M212I

OPG035

  • OPG035:G15S

OPG036

  • OPG036:D25E

OPG040

  • OPG040:A168T
  • OPG040:P254A
  • OPG040:Y374S

OPG044

  • OPG044:V63A

OPG045

  • OPG045:E20D

OPG046

  • OPG046:S95N

OPG047

  • OPG047:L166I
  • OPG047:D229N
  • OPG047:I232K

OPG049

  • OPG049:M37V
  • OPG049:T263M
  • OPG049:P276S

OPG052

  • OPG052:R11Q

OPG054

  • OPG054:R438G

OPG055

  • OPG055:A118T

OPG056

  • OPG056:C203Y
  • OPG056:D218V
  • OPG056:V323A

OPG063

  • OPG063:V149I

OPG064

  • OPG064:A88T

OPG065

  • OPG065:A35V

OPG071

  • OPG071:L411W

OPG074

  • OPG074:I441V
  • OPG074:S459F

OPG084

  • OPG084:Q620R

OPG089

  • OPG089:E178A

OPG092

  • OPG092:Q20K

OPG094

  • OPG094:R175T

OPG102

  • OPG102:H192Y

OPG104

  • OPG104:T12A

OPG105

  • OPG105:E110A
  • OPG105:V113G
  • OPG105:I1070V
  • OPG105:S1083N

OPG107

  • OPG107:K153E

OPG108

  • OPG108:A2V
  • OPG108:V4A

OPG110

  • OPG110:V80I
  • OPG110:A135T

OPG113

  • OPG113:A3T
  • OPG113:A543T

OPG118

  • OPG118:K256R
  • OPG118:A281V
  • OPG118:G381D
  • OPG118:N413S
  • OPG118:V462A
  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:A261V

OPG123

  • OPG123:V29A

OPG125

  • OPG125:H97N
  • OPG125:L399I
  • OPG125:I514V

OPG130

  • OPG130:T63A

OPG134

  • OPG134:A43V

OPG135

  • OPG135:V90A

OPG140

  • OPG140:H74N

OPG145

  • OPG145:I264T
  • OPG145:A348P

OPG150

  • OPG150:N100D

OPG153

  • OPG153:M14T
  • OPG153:T343A
  • OPG153:I355T
  • OPG153:H408Y

OPG161

  • OPG161:K67E
  • OPG161:V88A

OPG163

  • OPG163:V46I
  • OPG163:I103V

OPG164

  • OPG164:Y217H

OPG170

  • OPG170:G31D

OPG172

  • OPG172:M145T
  • OPG172:D167V

OPG173

  • OPG173:T30A

OPG174

  • OPG174:C285Y

OPG176

  • OPG176:D24N

OPG181

  • OPG181:A132V

OPG185

  • OPG185:T22I
  • OPG185:T167A
  • OPG185:D177E
  • OPG185:A195E

OPG189

  • OPG189:C506R

OPG191

  • OPG191:F80C

OPG193

  • OPG193:I108R

OPG198

  • OPG198:N71D
  • OPG198:Q133R

OPG199

  • OPG199:K230E

OPG204

  • OPG204:N178K
  • OPG204:E289K

OPG205

  • OPG205:W169R
  • OPG205:H473R

OPG208

  • OPG208:T53I

OPG209

  • OPG209:G187R

OPG210

  • OPG210:H363R
  • OPG210:D379G
  • OPG210:S704Y
  • OPG210:S781P
  • OPG210:T928A
Deletions

OPG040

OPG040:37

OPG049

OPG049:314

OPG159

OPG159:124-126

OPG191

OPG191:166

OPG195

OPG195:73

OPG197

OPG197:49
Insertions

OPG029

ins_OPG029:154:D

OPG047

ins_OPG047:482:NGMEWNGXXXXXXXX

OPG135

ins_OPG135:84:SNSNSNSN

OPG153

ins_OPG153:367:X

OPG189

ins_OPG189:31:NSS

OPG197

ins_OPG197:35:TDVTN

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue